Поэтому Албукерки созвал собрание капитанов и в длинной речи изложил свою точку зрении, которая заключалась в том, что, если португальцы возьмут Малакку, Каир и Мекка придут в полный упадок и Венеция не сможет получать специи, вследствие чего ее купцы вынуждены будут покупать их в Португалии. Большинство капитанов согласились с точкой зрения Албукерки, и было решено предпринять второй штурм Малакки. Малайцы бежали с моста и отступили к частоколу. Но там Албукерки высадил своих людей, которые обрушились на них и после жестокой битвы выбили их оттуда. После этого Албукерки сам обосновался на мосту и послал две роты с приказами, чтобы одна из них заняла мечеть, а другая позицию у входа в улицу, ведущую к мосту. Эта последняя позиция была занята без особого труда, но защитники мечети, среди которых был султан с большим отрядом воинов и слонов, сражались героически. Однако, в конце концов, их сопротивление было сломлено, и они бежали, преследуемые португальцами, которых самих в свою очередь преследовали большие отряды малайцев. Когда Албукерки узнал, что его люди подверглись нападению стыла, он поспешил к ним на помощь с ротой солдат, и когда два португальских отряда соединились, они пробили себе путь назад.
Вот как описывал английский историк Дэнверс в книге «Португальцы в Индии» эти события: «Как только мавры были изгнаны из Малакки, Албукерки дал разрешение на разграбление города… Он приказал, чтобы все малайцы и мавры предавались смерти. Огромное число мужчин, женщин и детей было убито, и при этом было захвачено 3000 пушек, 2000 из которых были отлиты из бронзы… Среди других взятых вещей были 6 огромных бронзовых львов, которых Албукерки намеревался сохранить для своей будущей могилы, и много других вещей, которые он предполагал послать в Португалию королю Мануэ-лу, но все это утонуло во время кораблекрушения “Флор де ла мар” на обратном пути в Индию.
Албукерки начал строительство крепости и Малакке. Когда строительство было завершено, португальцы получили в свое распоряжение одну из лучших и хорошо укрепленных крепостей на Востоке с двумя водохранилищами для свежей воды в башнях и с тремя водохранилищами в бастионах. С одной стороны крепость была защищена морем, с другой — рекой. Крепостные стены имели большую толщину. Сооружение было пятиэтажным. Большие и маленькие пушки были направлены во все стороны.
Вскоре мечеть и частокол были захвачены португальскими войсками. Албукерки укрепил мосты и послал четыре больших корабля с бомбардами вверх по реке с заданием выбивать противника с обоих берегов. Когда наступила ночь, португальцы обосновались внутри своих укреплений на мосту, внимательно наблюдая за прилегающей местностью. Албукерки приказал своим кораблям встать напротив города и обстреливать его всю ночь из бомбард»
