На фоне всех этих беспорядков совершенно незамеченной прошла попытка молодого самурая из хана Тёсю, Ёсиды Сёина, проникнуть на борт корабля Перри. Будучи выдан японским властям, Ёсида объяснил, что причиной его стремления покинуть Японию было желание раскрыть секреты могущества «варваров» с тем, чтобы побить европейцев их же оружием. Сёгунская администрация настолько растерялась перед лицом такой искренности, что Ёсида за преступление, карающееся смертной казнью, отделался тюремным заключением. Выйдя из тюрьмы, он основал в своем хане «Вольную академию под соснами» — частную школу, где кроме традиционных конфуцианских дисциплин преподавалась японская литература (а заодно и патриотические идеи Мотоори Норинага, основателя японского литературоведения), европейская география (по перерисованным голландским картам) и военное дело. Одновременно Ёсида вел активную переписку с друзьями сходных убеждений в Киото и Эдо. Узнав о том, что правительство сёгуната не намерено противостоять «варварам» и уже подписало несколько неравноправных договоров с Америкой, Британией и Францией, Ёсида попытался организовать заговор, чтобы убить чиновника, отвечавшего за этот позор. Узнав о заговоре, правительство хана выдало Ёсиду сёгунату, и в 1859 году учителя-вольнодумца казнили.
Его короткая и, казалось бы, незаметная деятельность в качестве частного преподавателя и невезучего террориста многое изменила в истории Японии. Несколько учеников «Вольной академии под соснами» извлекли из смерти учителя совсем не тот урок, который хотели преподать власти. Молодые самураи Такасуги Синсаку, Кидо Такаёси, Ито Хиробуми, Ямагата Аритомо пришли к выводу, что самураи как военная сила никуда уже не годятся и нет смысла воевать с европейцами по старинке, нужно реорганизовать армию по европейскому образцу, набрав туда простолюдинов и вооружив их по последнему слову оружейной техники.
Примерно в то же время в Эдо преподавал европейское военное и морское дело Сакума Сёдзан, выдвинувший принцип «западная наука, восточная этика». Сакума, чиновник бакуфу, был вдохновителем Ёсиды и хотя не шел на открытое противостояние с властями, все же отсидел какое-то время в тюрьме за неортодоксальный образ мысли. «Если мы не знаем ни врага, ни своих сил, мы, безусловно, потерпим поражение в любой битве. Однако даже если мы знаем врага и свои силы, мы все же в существующих условиях еще не можем говорить о сопротивлении. Только после того, как мы искусно овладеем всем тем, что блестяще использует враг, мы сможем говорить о победе над ним»
