Со временем и сёгунат Асикага пришел в упадок — магнаты клана Хосокава полностью контролировали сёгунов, их власть оспаривали другие магнаты. Десятилетняя гражданская войн Онин (1467–1477) положила начало эпохе Сражающихся княжеств.
В это время окончательно сложился самурайский этос. В стране, раздираемой усобицами, полководец стал главной фигурой. Самураи больше не подражали изнеженным придворным, но и не были теми варварами, о которых с насмешкой писали в романах эпохи Хэйан. Воинский идеал предполагал верность принципам конфуцианской морали, среди которых первое место занимала преданность. Именно в это время главы самурайских домов и полководцы начали составлять своды правил для своих вассалов и домочадцев — такие как «21 правило Ходзё Соуна», «Изречения Асакура Сотэки», «Суждения в девяноста девяти статьях» Такэда Нобусигэ.
Первым, кто серьезно задался целью объединить Японию, стал Ода Нобунага (1534–1582). Собрав вокруг себя плеяду талантливых военачальников, среди которых особенно выделялись Тоётоми Хидэёси (1536–1598) и Токугава Иэясу (1542–1616), Ода одерживал одну победу за другой, но ссора с вассалом Акэти Мицухидэ привела к тому, что Мицухидэ убил Ода и его старшего сына.
Тоётоми Хидэёси продолжил дело объединения Японии, но уже не для наследников Ода, а для себя. Впрочем, и он, достигнув вершин власти, не смог передать ее сыну. Отчасти причиной тому было сословно-родовое сознание японцев: не принадлежащий к потомкам дома Минамото не мог претендовать на звание сёгуна. К тому же Тоётоми был выходцем из крестьян, и родовитые князья не потерпели бы над собой такого сёгуна.
После смерти Тоётоми Хидэёси борьба за власть разыгралась между Токугавой Иэясу и Тоётоми Хидэёри — точнее, его матерью Ёдогими, властной и умной женщиной, племянницей Ода Нобунага. Именно она стояла за спиной Исида Мицунари, председателя опекунского совета при малолетнем Хидэёри. Войска Исида (Западная коалиция) и Токугава (Восточная коалиция) сошлись в битве при Сэкигахара в 1600 году, и партия Исида проиграла. В 1603 году Токугава Иэясу был провозглашен сёгуном. В 1614 году он уничтожил остатки оппозиции, сгруппированные вокруг юного Тоётоми Хидэёри и его матери. Головы побежденных самураев победители расставили вдоль всей дороги от замка Осака, где произошла решающая битва, до замка Фусими.
Наступил долгий мир. Укрепляя свою власть, Иэясу и его наследники окончательно утвердили систему «четырех сословий»: крестьян, торговцев, ремесленников и самураев. Само самурайское сословие тоже расслоилось на четко регламентированные группы; во главе его стояли
