Абакумову 3 ноября 1952 года предъявили обвинение в том, что он «вынашивал изменнические замыслы и, стремясь к высшей власти в стране, сколотил в МГБ СССР преступную группу из еврейских националистов, с помощью которых обманывал и игнорировал ЦК КПСС, собирал материалы, порочащие отдельных руководителей Советского правительства, а также отгораживал чекистский аппарат от руководящих партийных органов; опираясь на своих сообщников, проводил вредительскую подрывную работу в области контрразведывательной деятельности…»
В ноябре 1952 года Игнатьев докладывал Сталину о ходе расследования по «делу врачей». Были изучены истории болезней пациентов Кремлевской больницы. Следователи оценили работу крупнейших медицинских специалистов страны как совершенно неудовлетворительную. «При изучении материалов на медицинских работников Лечсанупра вскрылась большая засоренность кадров этого ответственного лечебного учреждения лицами, не внушающими политического доверия по своим связям с антисоветскими элементами прошлой враждебной деятельности». В результате такого медико-политического чекистского исследования был сделан вывод, что там «не создавались необходимые условия для надежного лечения больных, не было обеспечено добросовестное лечение и необходимый уход… за… руководителями зарубежных компартий и стран народной демократии, в том числе за товарищами Токуда, Торезом и Димитровым».
В ходе следствия были арестованы заместитель директора санатория «Барвиха» Рыжиков, начальник Лечсанупра Кремля Бусалов, консультант Лечсанупра Виноградов. Лечившие Щербакова Ланг и Этингер умерли под следствием. Врачей обвинили в том, что они «не использовали возможности сердечной терапии, неправильно применяли сильнодействующие средства, как морфий, пантопин, симпатол и различные снотворные». Щербакову после инфаркта «злонамеренно разрешили» вставать с постели. Лечение как Щербакова, так и Жданова, как утверждал Игнатьев, велось преступно. Были арестованы все врачи, лечившие Жданова в последние годы его жизни, – профессора Егоров, Виноградов, Василенко, врачи Майоров и Карпай, патологоанатом Федоров. Последнего обвинили в том, что умышленно скрыл сведения об инфаркте Жданова.
«Следствием установлено, что Егоров и Федоров – морально разложившиеся люди, Майоров – выходец из помещичьей среды, Виноградов – примыкавший в прошлом к эсерам, Василенко – скрывший с 1922 г. свое исключение из ВКП(б), и связанная с ними еврейская националистка Карпай – все они составляли вражескую группу, действовавшую в Лечсанупре, Кремля и стремились при лечении руководителей партии и правительства сократить их жизнь» – такой вывод содержался в докладе Игнатьева Сталину.
