«Все это было полной чушью, – вспоминал заместитель Абакумова Питовранов. – Я тоже писал объяснения для комиссии по проверке работы МГБ, которую возглавляли Берия и Маленков. Привязать Абакумова к смерти Щербакова было невозможно – тот умер в 1945 году, когда Виктор Семенович возглавлял «СМЕРШ» и не имел к правительственной охране никакого отношения. Я думаю, что Сталин это понимал».
Однако против министра вскоре выдвинули и другие, куда более серьезные обвинения. «Жалобщики писали, что МГБ скрывает правду от ЦК, – рассказывал Питовранов. – А это было правдой. По моим наблюдениям, у министра в какой-то момент вдруг появилась дурацкая вера в то, что если он о чем-то не доложит наверх, то там об этом ничего не узнают. Один сотрудник министерства перебежал к американцам, а он решил представить его погибшим. Протоколы допросов арестованных правил, решал, нужно или не нужно передавать в ЦК написанные в наших тюрьмах жалобы подследственных. Да и дальновидностью Виктор Семенович не отличался. Подумайте, компромат на Берию и Маленкова он держал в стопке белья в платяном шкафу!»
Абакумова решили напрямую связать с делом врачей. Благо, имеющиеся у следствия материалы легко позволяли это сделать. А врачам-вредителям инкриминировали уже смерть как Щербакова, так и Жданова.
Абакумова решили сделать главой «сионистского заговора». Но он ни в чем не сознавался. Между тем, еще 23 июля 1951 года заместитель министра госбезопасности С. Огольцов подал в Политбюро записку «о законспирированной группе врачей-вредителей». 22 февраля 1952 года дело было передано из прокуратуры МГБ, а курировать следствие стал все тот же Рюмин. Теперь подследственных, а кроме Абакумова были арестованы начальник Следственной части Леонов, следователи Комаров, Шварцман, Лихачев, работники секретариата МГБ Броверман и Чернов, перевели в Лефортово, где их уже начали допрашивать с применением всех мер физического воздействия – вплоть до кандалов и резиновых дубинок. Арестовали также бывших заместителей Абакумова Питовранова и Селивановского и ряд ответственных сотрудников центрального аппарата МГБ – Шубнякова, Райхмана, Белкина, Эйтингона и др., а также кремлевских врачей – Виноградова, Вовси, Егорова, Майорова и др. Было использовано письмо врача-рентгенолога Лидии Тимашук, которая сразу после смерти Жданова доказывала, что Виноградов и другие кремлевские врачи неправильно поставили диагноз Андрею Андреевичу, у которого в действительности был инфаркт. Абакумову ставили в вину, что он не отреагировал на донос врача Лидии Тимашук, в августе 1948 года сообщавшей, что кремлевские доктора неправильно лечат товарища Жданова. Правда, письмо было адресовано начальнику Главного управления охраны МГБ генерал-лейтенанту Николаю Сидоровичу Власику. Но тот, арестованный 16 декабря 1952 года за злоупотребление служебным положением и попустительство «врачам-вредителям», сразу же признал, что переслал письмо Тимашук Абакумову. Однако Виктор Семенович так и не признался, что пытался извести Сталина и потому «замазал» сигнал патриотки.
