Относительно же состояния японского православного проповедничества исследования отстают еще больше, чем в случае с католицизмом, хотя по численности верующих Православная Церковь эпохи Мэйдзи следовала непосредственно за Католической. До сих пор остаются невыясненными общая картина миссионерства, его связи с Россией, сущность самой веры и ее особенности. Среди исследователей истории японского христианства практически не было людей, интересовавшихся историей православия. С другой стороны, в самой среде православных верующих не было людей, готовых заняться реконструкцией истории собственной церкви.
Разумеется, это не означает, что сбор материалов или попытки воссоздания истории церкви отсутствовали вовсе. В числе основных источников по истории православного проповедничества эпохи Мэйдзи можно назвать «Церковные ведомости» (Кёкай Хоти; выходили дважды в месяц с 1877 по 1880) и «Православный вестник» (Сэйкё Симпо; выходили с той же периодичностью с 1880 по 1912). Однако обобщающий очерк на основе этих материалов создан не был. Примером собрания документов по миссионерству может служить изданное в 1901 году Кидзабуро Исикава «Описание православного проповедничества», но с тех пор заметных явлений в этой области не наблюдалось. В 1957 году вышли «Деяния архиепископа Николая» Дзюнко Сибаяма. По сути это ценный исторический очерк, фиксирующий важнейшие события в жизни Японской Православной Церкви от прибытия о. Николая в Японию до его кончины. Однако это история церкви, писавшаяся в расчете на верующих, и остается открытым вопрос о том, насколько исчерпывающе в ней отражена объективная реальность.
Таким образом, история Православной Церкви эпохи Мэйдзи оказалась за рамками интересов исследователей. Проповеднические труды о. Николая, японских священников и более сотни катехизаторов, плоды их деятельности и оказанное ими влияние остались без обсуждения до настоящего времени.
Но в последние годы в истории мэйдзийского православия показался просвет. Особенно много статей и монографий по истории Православной Церкви появилось с конца 1970–х годов: были переведены на японский язык статьи самого о. Николая, одна за другой издавались «столетние истории» местных церквей, подошедших к этому рубежу.
Все эти статьи и монографии, комментарии и примечания к переводам, истории отдельных церквей выдержаны в духе научно–объективного исторического исследования и написаны с целью пролить свет на доселе неясные факты в истории японского православия. Благодаря этим работам быстро проясняется облик Православной Церкви в период Мэйдзи, когда ее окормлял о. Николай.
