Представляют интерес отношения между о. Николаем и Генри Джефферисом, американским епископальным миссионером, долгое время занимавшимся проповедью в Маэбаси и Сэндае. Джефферис уважал и любил о. Николая, словно своего брата. Во время своих приездов в Токио он обязательно появлялся на Суругадае, пел в православном соборе, после чего о. Николай угощал его у себя чаем. Пасху Джефферис также встречал в Православной Церкви.
О. Николай не принимал посетителей в утренние часы, которые он посвящал переводу Священного Писания и богослужебной литературы. Это правило соблюдалось всегда, даже если посетителем был русский Посланник. Джефферис был исключением из этого правила. Однажды утром между о. Николаем и пришедшим навестить его Джефферисом состоялся следующий диалог:
«— Получил шестимесячный отпуск (furlough), — говорит.
— Поздравляю! Вам, должно быть, очень приятно это после долгого усердного труда в Японии. И что же Вы намерены делать? — спрашиваю.
— Отправляюсь, — только не в Америку, а в Китай. Потому пришел просить Вас: дайте письмо к начальнику вашей Миссии там и упомяните в нем, что я очень расположен к Православной Церкви.
— О, конечно, это я знаю по Вашим действиям здесь с самого приезда Вашего в Японию» (16/29 ноября 1900 года).
В целом о. Николай находился в хороших отношениях с миссионерами всех христианских конфессий, которые находились в Японии. Однако во время русско–японской войны он испытывал сильную неприязнь к протестантским миссионерам из–за того, что с началом войны они в соответствии с курсом Англо–японского союза в один голос начали превозносить Японию и выражать открытое презрение и ненависть к России. В Дневниках о. Николая периода русско–японской войны часто встречаются записи, подобные следующей, где он выражает по этому поводу свое негодование: «Никто так ненавидит Россию и не желает ей зла, как протестантские миссионеры» (19 ноября/2 декабря 1904 года).
В обстановке, когда среди иностранных миссионеров все больше и больше распространялись антирусские настроения, только Джефферис остался на стороне о. Николая и Русской Церкви: «Из всех иностранцев, кажется, один Rev. Jefferys, американский епископальный миссионер, искренно расположен и к Православной Церкви, и к России: чуть что доброе находит в получаемых им религиозных журналах, тотчас делает вырезку или целый номер шлет мне с красной отметкой» (2/15 июня 1904 года).
В период Мэйдзи все христианские конфессии сталкивались с большими проблемами по поводу захоронения своих усопших. Японское правительство и буддийские круги ставили всевозможные препоны, не давая христианам приобретать для себя кладбищенские участки. Когда в Сэндае местный губернатор помог организовать кладбище для американцев и протестантов–японцев, Джефферис любезно предложил о. Николаю воспользоваться случаем и приобрести участок под кладбище и для Православной Церкви (22 октября/4 ноября 1903 года).
