Многочисленные заявления молодых талантов духовной академии на пост настоятеля консульской церкви в городке островной дальневосточной страны — свидетельство того, что идеалистический энтузиазм эпохи реформ распространился и на студентов–академистов. Учась в духовной академии, они вместе с тем были «шестидесятниками», современниками эпохи, примечательной расцветом идеализма и реформаторскими настроениями.
Принадлежа к духовному сословию, являвшемуся верной поддержкой самодержавию, они в то же время всей душой желали служить бедным и страждущим. В дневниковых записях во время пребывания о. Николая в России много раз упоминается отец Никандр, трудившийся на благо нуждающихся евреев в Петербурге (см., например, Дневник от 8 января 1880 года). Близкий друг о. Николая отец Иоанн Демкин организовал богадельню для бесприютных детей и стариков (см. Дневник от 24 сентября 1879 года). Эти люди были молодыми представителями поколения, которое отличалось возвышенными идеалами и жаждой практической деятельности.
Один из наиболее известных представителей «шестидесятников» от интеллигенции, Н. А. Добролюбов (1836–1861), родился в том же году, что и о. Николай, также в семье священнослужителя, и также учился в духовном училище. Добролюбов метался между благочестивой верой и сильными сомнениями, в семнадцать лет бросил духовное училище и в конце концов стал публицистом, подвергавшим критике застой в российском обществе. В истории литературы Добролюбов оценивается как своего рода диссидентствующий интеллигент, находящийся в противостоянии с Православной Церковью. Однако молодые критики и академисты, жившие в одну и ту же эпоху, несомненно, разделяли идеализм, критическое отношение к современной ситуации, надежды на возрождение России. Скорее всего, о. Николай, Благоразумов и другие читали работы Добролюбова. О. Николай пишет в своем Дневнике: «Чтение критики из „Обломова” возбудило решение вопроса: служить Богу или миру? Причем твердым ответом поставлено было первое; а скоро за сим пришедшая из Синода бумага в Академию (21 октября/3 ноября 1907 года). Велика вероятность того, что „критика из «Обломова»”, которую читал о. Николай, — это статья Добролюбова „Что такое обломовщина?“ (1859)».
На восьмой год после своего приезда в Японию, в феврале 1869 года, о. Николай публикует в российском православном журнале «Христианское чтение» пространный очерк под заголовком «И в Японии жатва многа… Письмо русского из Хакодате». В нем он пишет: «8 лет тому назад я заявил желание занять место при здешнем консульстве тоже с миссионерскою целью (да и кто бы из–за академической парты решился ехать сюда только для того, чтобы раз в неделю отслужить — зачастую в совершенно пустой церкви, так как здесь русских православных и с младенцами не больше десятка?) Тогда же, кстати, много говорено было о необходимости миссионерской академии в России и даже, если не ошибаюсь, приступлено к основанию ее, так что я мог надеяться, что в случае нужды, не останусь здесь один».
