27 сентября по Дунаю прибыла к Вене первая группа турецких кораблей, подвергнувшись во время перехода сильному обстрелу у Прессбурга. Корабли должны были отрезать осажденных от северного берега Дуная. К этому времени граф Зальм и Рогендорф отвели все свои войска за городские стены. Вскоре Сулейман узнал от пленных, что Фердинанда нет в Вене. Впрочем, султан не был уверен в этом и в любом случае решил довести осаду до конца.
С приходом основных сил турки начали рыть траншеи у крепостной стены, а артиллеристы устанавливать на позициях осадные батареи. Город не был блокирован полностью, турки заняли позиции только к югу от Вены. С одной стороны, Сулейман надеялся, что с севера Вену блокируют турецкие речные суда (эта надежда оказалась тщетной, поскольку флотилия была слишком слаба, почти не имела артиллерии и не могла бороться с артиллерией Вены). С другой стороны, отправка части турецкой армии на северный берег Дуная была слишком рискованным делом. В случае подхода к осажденным подкреплений эта часть армии легко могла быть окружена и уничтожена, и основные силы Сулеймана на южном берегу не смогли бы быстро помочь своим, так как не имели в своем распоряжении мостов.
Турки начали бомбардировку города и взорвали несколько мин в подкопах под стенами. Тем не менее взять город не удавалось. Когда осада затянулась, осажденные с выпущенным на свободу пленным турком послали Сулейману издевательскую записку, где напоминали, что завтрак султана давно уже остыл и что теперь повелителю правоверных придется довольствоваться той пищей, которую посылают ему пушки и мушкеты с городских стен.
Турки обстреливали защитников Вены не только из пушек, но и из мушкетов и луков, однако не наносили им большого вреда.
Турецкие саперы делали подкопы и взрывали мины, а их противники, в свою очередь, взрывали контрмины. Все же туркам удалось сделать несколько проломов в стенах, но все штурмы отражались немецкими пехотинцами и артиллеристами, которых поддерживало, как могло, все население Вены.
Сулейман наблюдал за военными действиями из высоко возносившегося над лагерем султанского шатра. Он направлял осажденным новые послания с посулами и угрозами, но безрезультатно. Ибрагим-паша, непосредственно руководивший войсками, шедшими на приступ, тоже применял политику кнута и пряника, обещая золотые горы тем, кто первым ворвется в город, и суровые кары тем, кто струсит. Но моральный дух осаждающих падал, и янычар все чаще приходилось подгонять на приступ нагайками.
