Однако значительная часть венгерского дворянства не смирилась с турецким игом. Ряд венгерских магнатов, выступавших за союз с Австрией, обратились за помощью к Габсбургам и избрали венгерским королем австрийского эрцгерцога Фердинанда I.
Первоначально Янош Запольяи с турецкой помощью подчинил себе почти всю Венгрию. Лишь узкая полоска земли на севере и западе оставалась под властью Фердинанда Габсбурга.
После ухода турок в Венгрии наступило «бескоролевье». 16 октября 1526 года в Токае сейм выбрал королем князя Яноша Запольяи, а 11 ноября магнат был коронован. Но тут в борьбу вступил другой, гораздо более серьезный претендент на корону Св. Стефана – 23-летний Фердинанд I Габсбург, младший брат императора Карла V. Его жена Анна была дочерью короля Владислава II, отца погибшего короля Лайоша II. Между двумя претендентами на престол началась гражданская война.
Фердинанд без труда разбил войско Запольяи, а самого отправил в изгнание в Польшу. После этого Фердинанд был коронован и стал венгерским королем. Его войска заняли Буду.
Запольяи ничего не оставалось, как обратиться за помощью к турецкому султану. В 1528 году он был признан Сулейманом королем Венгрии и освобожден от выплаты дани в обмен на вооруженную поддержку турок. Луиджи Гритти, сын венецианского дожа, перешедший на службу к Сулейману, стал постоянным представителем Запольяи в Стамбуле. Запольяи должен был каждые 10 лет предоставлять в распоряжение султана десятую часть населения Венгрии обоих полов и навечно предоставить право свободного прохода через территорию Венгрии османских войск.
В 1529 году по просьбе Яноша Запольяи Сулейман совершил поход в Венгрию с армией в 120 тыс. человек, в которой до 50 тыс. человек состовляла пехота. 10 мая 1529 года турецкая армия под командованием Ибрагима-паши выступила из Стамбула в поход на Венгрию и 6 августа перешла венгерскую границу. Турки вновь взяли Буду, которую австрийцы и их венгерские союзники предпочли оставить без боя, и восстановили на престоле Яноша Запольяи.
Сулейман решил нанести серьезное поражение Габсбургам и овладеть Веной, что позволило бы ему контролировать большую часть Дуная и получить плацдарм для дальнейшей экспансии в Центральной Европе. Но из-за проливных дождей турецкие войска подошли к предместьям Вены на месяц позже, чем надеялся султан. Из-за распутицы пришлось оставить далеко в тылу основную часть тяжелой осадной артиллерии. А легкие пушки укреплениям Вены были не страшны. Погибли также сотни верблюдов, которые везли оружие, продовольствие и боеприпасы. Тем временем Янош Запольяи с 6-тысячным отрядом вышел приветствовать султана у Мохача. Сулейман короновал его священной короной Святого Стефана. После захвата осажденной Буды Янош Запольяи въехал в город, чтобы занять престол под именем короля Иоанна.
