Разобраться в ситуации Тухачевский поручил начальнику УВИ Терентьеву. Клейменов уже приходил к нему и представил дело в своем свете. Терентьев знал и Клейменова, и Королёва, и понимал, что объединить ГДЛ и ГИРД, соперничавших друг с другом, будет сложно. Получалось, что все хотели этого объединения, приложили колоссальные усилия, чтобы оно произошло, а вместе ужиться – не могли. Возможно, масла в огонь подливало то обстоятельство, что Клейменов был умудренным опытом человеком, и Королёв ему казался пусть талантливым, но юнцом. А где это видано, чтобы мальчишки указывали старшим. Были и другие обстоятельства. РНИИ создавался для того, чтобы заниматься не полетами в космос, а военной ракетной техникой. Ленинградцы до объединения состояли в военном ведомстве, а москвичи в общественной организации Осоавиахим. Военным с гражданскими всегда тяжело было ладить. По решению начальника научно-технического управления ВСНХ СССР Николая Ивановича Бухарина, Королёва отстранили от должности. Вместо заместителя начальника РНИИ была введена другая должность – главного инженера. Эту должность занял Георгий Эрихович Лангемак.
Конфликт между Королёвым и Клейменовым не утихал, а наоборот, разгорался. Клейменов попытался сделать так, чтобы Сергея Павловича исключили из РККА – не вышло. Он заявил начальству, что работать дальше с Королёвым невозможно. В ответ Королёв написал Тухачевскому письмо, в котором сообщил, что Клейменов некомпетентен – ракеты на твердом топливе не смогут дать скорости, высоты и дальности полета, которые потребуются для нового вооружения РККА. Сергей Павлович жаловался, что жидкостным ракетным двигателям не уделяется должного внимания. Он пытается заступиться за сотрудников, которых уволил Клейменов, а это были классные специалисты. Тухачевский дает распоряжение разобраться.
Ему доложили, что если руководителем останется Клейменов, то Королёва придется уволить, а с ним уйдет группа специалистов (Победоносцев, Тихонравов и др.). Напрашивался вывод, что с должности нужно снять Клейменова. Но как-то получилось, что пока искали подходящего «кандидата», шум поулегся, и Клейменова оставили начальником института.
Королёв теперь работал старшим инженером в отделе, занимавшемся жидкостными ракетами. Руководил отделом Алексей Стеняев, далеко не лучший специалист в ракетной технике. Заведующим 8-м сектором, в состав которого зачислили Королёва, был Евгений Щетинков. В отделе работали над кислородными и азотнокислотными двигателями, бескрылыми и крылатыми ракетами, занимались керамическими покрытиями камер сгорания, защищавшими их от высоких температур, искали состав нового жидкого топлива.
