Петлицы Сергея Павловича теперь украшали два ромба. Заместитель начальника нового института, он был назначен дивизионным инженером, что соответствовало званию генерал-лейтенанта инженерных войск. А ему всего двадцать шесть лет. Начальником РНИИ был назначен Иван Терентьевич Клейменов. С Королёвым он был знаком с 1932 года, когда Клейменов руководил ГДЛ. Встречались на совещаниях у Тухачевского, в Нахабино вместе осматривали испытательные стенды. Клейменов казался Королёву спокойным, рассудительным человеком. Теперь им предстояло работать вместе.
В ракетах Клейменов мало что смыслил, но будучи начальником ГДЛ, никогда не обсуждал технические вопросы, которых не понимал. Теперь, когда он стал начальником института, Иван Терентьевич не собирался уступать техническую сторону Королёву и заниматься хозяйственными делами, наоборот, решил сам определять направление исследовательских работ. А Сергея Павловича стал загружать именно хозяйственными вопросами, например, чтобы ко времени переезда из Ленинграда сотрудников ГДЛ производство было уже налажено. В ГИРД была своя небольшая группа механиков. Но наладить работу мастерских и лабораторий для целого института им одним было не по силам. От бывших механиков дизельной лаборатории толку было мало: одни из них спивались от безделья, другие ушли искать работу получше. Неподалеку находилась суконная фабрика, откуда в мастерские института приходили наниматься рабочие. Клейменов с удовольствием их принимал – как же, рабочие мануфактуры, оплот революции. Королёв же очень тщательно подбирал людей, с которыми работал. Рабочие фабрики даже чертежей прочесть не могли. Сергей Павлович давал им задания, они их не выполняли, Королёв кипятился, кричал, рабочие жаловались на него своему заступнику – Клейменову. Тот упрекал Королёва в неумении руководить и требовал, чтобы производственный цех привели в порядок как можно скорей. Королёв давал задания – они опять срывались. Скандал не заставил себя долго ждать. 17 января 1934 года Сергей Павлович представил Клейменову записку о неудовлетворительной работе мастерских института – жесткий доклад, в котором были указаны все недостатки. Очень часто в докладе встречались слова: «не выполняется», «нет порядка», «срывы», указывались причины. Королёв предлагал ни много ни мало сменить все руководство производством.
Заместитель не оставил своему начальнику выбора. Следующий ход был за Клейменовым. Или признать, что он ошибся, нанимая людей, или указать Королёву его место. Клейменов выбрал второе, и обвинил во всем своего заместителя, не справившегося, как он утверждал, с руководством. Дело дошло до того, что Клейменов заявил, что такой заместитель ему не нужен. Сергей Павлович ответил в том духе, что такой руководитель ему тоже не нужен, и он, Королёв, за должность держаться не будет.
