В мае 1922 года суд Верховного ревтрибунала УССР утвердил обвинительный акт «уголовного преступника Махно» и потребовал от польской власти передать его советскому суду. Правительство УССР обращалось к польскому правительству с нотами, требуя выдать Махно, но поляки решили не выдавать политического беженца на расправу.
В сентябре 1922 года Махно, его жену Галину, а также его сподвижников Домашенко и Хмару арестовали и перевели в варшавскую тюрьму. Было начато следственное дело по обвинению махновской группы в попытке поднять антипольское восстание в Галичине и в связях с советской разведкой, с миссией УССР в Варшаве. Для Махно и его группы польское обвинение требовало наказания — восемь лет тюрьмы за шпионаж, разработку планов восстания и присоединения Галичины к УССР. Утверждалось, что Махно якобы получил из рук советской миссии 100 тыс. марок. Обвиняли Махно и в том, что «планы махновского восстания в Польше» были разработаны в Москве, что Махно требовал от Советов для восстания в Галичине передать под его руководство бригаду советской конницы и роту советской пехоты на тачанках… Больше года томились Махно, Хмара и Домашенко в варшавской тюрьме. Условия сырой камеры способствовали рецидиву туберкулеза легкого. Галина попала в тюрьму беременной и после рождения ребенка была выпущена на свободу. Дочка Махно, Елена, появилась на свет в тюремной камере 30 октября 1922 года.
23 ноября 1923 года начался судебный процесс по делу махновцев. Махно не вызывал симпатии у польской публики, свидетели обвинения Махно в бандитизме рассказывали о насилиях, грабежах, убийствах, бандитизме и погромах. «Адвокаты развеяли миф об антисемитизме махновцев, заявив, что американские евреи-анархисты собрали 5 тыс. долларов для Махно на все судебные расходы, что евреи всего мира считают Махно своим защитником. Защита строилась на полном отрицании обвинений. Защита убедила суд в том, что Махно никогда не боролся против польских войск, а в 1920 году даже отказался «воевать на Польском фронте». Защита утверждала, что и во время решающей битвы за Варшаву махновцы «помогли Польше», совершая рейд по тылам красных и подрывая боеспособность Красной армии. На суде Махно заявил: «Вы осуждаете не Нестора Махно из Гуляйполя. Вы осуждаете украинскую революцию, которая в настоящее время начинает изменять свою историю! Не знаю случая, чтобы кого-то из людей нашего времени могли судить за то, что он принадлежит будущему. Я — будущее!»
