Следующим подвигом Алексия было строительство в Москве монастыря во имя Чуда архангела Михаила в Хонех. По Троицкой летописи, монастырь в Кремле был основан в 1365 г. и стал домовым монастырем русских митрополитов.
Не известно, когда был точно основан святителем Алексеевский женский монастырь в Москве. Легенда сообщает, что митрополит Алексий построил монастырь для своих сестер. Некоторым ориентиром служит известие Троицкой летописи под 1393 г. о смерти игуменьи «Алексиевской» Ульяны: она происходила «от града Ярославля», монашествовала «лет боле 30» и была «общему житью женскому начальница»[42]. Летопись сообщает только общее число лет жизни Ульяны в монашестве, но не говорит, когда она стала игуменьей (тем более, это случилось после того, как Ульяна была «приведена» в Москву из Ярославля). Более интересно уникальное сообщение Львовской летописи, являющееся остатком древней московской летописи: «В лето 6886. Месяца ноеврия 28, церковь святого Алексея человека Божия вверх по реце по Москве святый святитель Алексей постави на березе, во имя аньила своего, и в нем женский манастырь устрои и опщее житие, и придаде его к Михайлову Чюду к манастырю во облость, его же есть и доныне благодатию Христовою» [43]. По данному сообщению, Алексеевский монастырь построен в 1377 г. (если только заметка не оказалась случайно под 6886 г.) и во всяком случае, после основания Чудова монастыря. Тем не менее, вставной характер фрагмента очевиден, следовательно, возможны и ошибки в дате. Заметим, что 28 ноября в 1377 г. не являлось воскресным днем, таковым оно было в 1367 и 1372 гг. Более вероятной датой представляется 1367 г., который ближе к указанному сроку монашества игуменьи Ульяны, да и ошибку в 10 лет легче объяснить палеографически.
В Житии митрополита Алексия рассказывается еще об основании Благовещенского монастыря в Нижнем Новгороде и устройстве в нем «общежития»[44]. По Троицкой летописи, Алексий был в Нижнем Новгороде в 1370 г. — этим годом, следовательно, и надо датировать основание монастыря (или устройство в нем общежития). Далее («по сих») в том же памятнике упоминается еще об основании Алексием Константиноеленинского монастыря в Владимире, но никакого хронологического уточнения не приводится.
Несколько монастырей было основано митрополитом Алексием при активном содействии преподобного Сергия Радонежского. Переход на общежительные начала в самом Троице–Сергиевом монастыре обернулся расколом в братии, в результате чего Сергию пришлось покинуть родную обитель и обосноваться на новом месте — на берегу реки Киржач. Здесь Сергий основал монастырь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы. Митрополит Алексий дал свое благословение, а князья и бояре — «сребро доволно на строение монастыря». Хотя Киржачский монастырь стоял на территории великого княжения Владимирского, не видно, чтобы Сергий обращался к великому князю Дмитрию или к кому–нибудь из частных лиц. Но известно, что Преподобный послал двух своих учеников к митрополиту Алексию, прося благословения. У митрополичьей же кафедры, действительно, владения на Киржаче были (например, «Романовская митрополичья волость на речке на Кержачи» и другие)
