С декабря 1654 г. по март 1655 г. русские войска заняли всю Белоруссию, а в марте — июле 1655 г. — собственно Литву.
Царь указал воеводам Белоруссии предварительно посылать в город «листы» с предложением сдаваться, и лишь в случае отказа города сдаться воеводы имели право начинать штурм. Жители многих городов — Белой, Дорогобужа, Полоцка, Копыси, Невля, Диены, Друи и др. — практически без сопротивления сдались царским войскам: «добили челом и город здали». Царь Алексей Михайлович особо обращал внимание воевод на гуманное отношение к населению: «А ратным людям приказали б есте накрепко, чтоб они белорусцов крестьянские веры, которые против нас не будут, и их жон, и детей не побивали и в полон не имали, и никакова дурна над ними не делали, и животов их не грабили». Воеводам наказывалось прибирать «белорусцев», которые захотят служить государю: «…и вы о тех белорусцев нашим государевым жалованьем обнадежили и велели их приводить к вере, что им быть под нашею… рукою навеки неотступно, и нам служить, над польскими и над литовскими людьми промышляли, с нашими ратными людьми сопча за один».
Подобные указы царь дал и казакам. Отправляя к русским войскам отряд Ивана Золоторенка, Хмельницкий писал царю: «…тому ж полковнику нежинскому приказали есми, чтоб во всем, по велению твоего царского величества, исправлялся и никакие людем не чинил обиды, идучи с полком твоего царского величества запорожским». Увы, запорожцы плевать хотели на оные указы.
Жесткие царские указы 1654—1667 гг. «сел не жечь» под угрозой смертной казни часто попадаются в архиве главного военного ведомства XVII века — Разрядного приказа, в столбцах Московского и Новгородского столов. Так, в одном из дел Новгородского стола о войне за период 1655—1656 гг. имеется такой приказ «начальным людям»: «А как нынешних ратных людей с нынешние службы отпустите и в город пошлете, и вы б нашим ратным и пешим людем сказали и наказ учинили крепкой по смертною казнию, чтоб они, идучи дорогою Курляндские земли и Диноборгского уезду оне не воевали и задору с ними никаких не делали, также от полоцкого, витебского, дисенского и иных уездах, которые под нашею государскою рукою, учинились оберегать, чтоб тех городов уездным всяким людем от ратных людей обид и утеснения никакова не было».
К 10 декабря 1655 г. русская армия завоевала в общей сложности 68 городов, и еще 26 городов (литовских) присоединились к России по договору. Подводя итоги всей кампании 1654 и 1655 гг., царь 30 декабря 1655 г. издал манифест о присоединении Великого княжества Литовского к России и после этого вернулся в Москву.
