Вместо того чтобы сосредоточиться на сомнительных пунктах обвинения, Мария начала лгать, поставив под сомнение все свои заявления. Несмотря на то что было легко доказать ее знакомство с Бабингтоном, она его вначале отрицала.
28 октября суд в последний раз собрался в Вестминстерской Звездной палате и огласил приговор. Не считал доказанной вину королевы только лорд Зуч, которого не убедили доводы обвинения. Суд провозгласил: «…названная Мария Стюарт, притязающая на корону сего, английского, государства, неоднократно измышляла сама и одобрила измышленные другими планы, ставящие себе целью извести или убить священную особу нашей владычицы, королевы Английской». Такое преступление заслуживало только смертной казни. Елизавета должна была признать или отклонить решение суда.
Многие придворные убеждали ее: спокойствие в стране наступит только после смерти Марии Стюарт. Живая, она всегда будет создавать угрозу для власти английской королевы. Было известно, что Филипп Испанский собирается организовать десант на остров, чтобы освободить Марию. Было ясно, что в его руках она станет серьезным козырем в политической игре с целью уничтожения протестантизма в Англии. Однако французский посол предостерег Елизавету, что она погрешит против Господа, подняв руку на королеву.
Елизавета долго колебалась. Наконец она нашла выход из положения. 1 февраля 1587 года второй государственный секретарь Девисон принес на подпись к королеве смертный приговор шотландской королеве. Елизавета сделала вид, что по рассеянности в числе других подписала и этот документ. 8 февраля приговор был приведен в исполнение.
Узнав об этом, Елизавета разыграла целый спектакль. «Кто осмелился без моего приказа казнить королеву Шотландии!» — кричала она. Всю вину за происшедшее она возложила на «нерадивых» придворных, в первую очередь на Девисона. Против него было возбуждено уголовное дело. Жертву политической интриги приговорили к штрафу в 10 тысяч фунтов и тюремному заключению. Якову Шотландскому английская королева направила письмо, в котором призывала Бога в свидетели того, что она не виновна в казни его матери. Впрочем, этому в Европе не поверил никто. Тем не менее каких-либо действий со стороны венценосных особ эта казнь не вызвала. Заблудшая овца упокоилась с миром.
С тех пор трагическая, полная страстей история Марии Стюарт интересовала только литераторов и историков. Ей посвящено множество романов, где красавица-королева, как правило, представлена несчастной жертвой подлых интриг злодейки Елизаветы. Авторы подобных произведений забывают, что Мария Стюарт все-таки была причастна к смерти своего мужа Генри Дарили. Поддержала она и заговор (не важно, что его сфальсифицировали) против Елизаветы, чтобы лишить соперницу жизни. Просто в этом споре «кто — кого» победила не она.
