В северо-западном углу собора находится гробница святого угодника Божия митрополита Илариона, о котором говорилось выше. За три года до смерти он ослеп, и в житии его сказано, что ослеп он от слез, часто изливавшихся чувствительным сердцем его, а также от усердного чтения священных книг.
В это время (даже еще раньше) под начало его прислали за какую-то вину Тамбовского епископа Леонтия. Жил тот в Спасо-Евфимиевом монастыре вместе с братией, но служение архиерейское у него было отнято. Митрополит Иларион исходатайствовал ему разрешение служить в Двунадесятые праздники в епископской одежде. Но Леонтий решил воспользоваться слепотой святого митрополита и подсунуть ему заранее заготовленную бумагу, чтобы тот отказался от управления епархией. Когда митрополит отказался подписать бумагу, Леонтий стал грозить, что откроет на него "слово и дело государево".
Митрополит Иларион обо всем сообщил царю, и по приказанию государя был созван собор, на заседания которого в Москву вызвали и епископа Леонтия. Тот подал список различных обвинений против митрополита Илариона и особенно упирал на тот, что по слепоте своей святитель не может быть митрополитом, так как полагает недостойных в священники и диаконы и т. д. Но все эти обвинения собор признал клеветническими, вызванными желанием собственного властительства. И государь сначала повелел сослать Леонтия в дальние пределы, а потом передумал и приказал оставить его в Спасо-Евфимиевой обители под строгим наблюдением. А митрополит Иларион до самой кончины своей пребывая на митрополичьей кафедре. 14 декабря 1707 года он мирно скончался от старости. Над ракой блаженного Илариона поставлено превосходно написанное изображение его в полный рост — в том самом саккосе, который был пожалован ему царем Федором Алексеевичем.
Доныне многие притекают к гробу митрополита Илариона и служат панихиды, ожидая его богоугодных молитв и помощи в тяжких недугах и горестях житейских. Особенно беременные женщины прибегают к нему с молитвой о счастливом разрешении от бремени.
В Богородице-Рождественском соборе погребены многие лица из древних родов князей суздальских — Ногтевых (в том числе отец царя Василия), Горбатовых, Кисловых, Вельских и Скопиных.
Долгое время в соборе сохранялась одна древняя могила, которая впоследствии, к сожалению, была забыта из-за множества перестроек, да и надгробный камень ее уничтожили. А покоился в ней терпеливый страдалец, благоверный князь Святослав Юрьевич, скончавшийся в январе 1174 года. В летописи о нем сказано так: "Избранник Божий бе; от рождества и до совершения мужества бысть ему болезнь зла… кто бо болезнью постражет, якоже книги глаголют, тело его мучится, а душа его спасается. Такоже и той, воистину святой Святослав, Божий угодник, избранный во всех князех; не да ему Бог княжити на земли, но да ему царство небесное".
