В 1612 году святитель Арсений находился в Кремле, занятом поляками. Когда русское воинство по призыву Козьмы Минина и князя Д.М. Пожарского двинулось освобождать Отечество, русских военачальников положено было наставить на ратное дело, сперва помолясь Богу и призвав на помощь Пресвятую Богородицу. Всему воинству русскому был назначен трехдневный пост. И в это время, когда вне Москвы все молились и постились от чистого сердца и с сокрушенным духом, в самой столице святитель Арсений сподобился чудного явления преподобного Сергия Радонежского.
Святитель был очень болен, и когда он уже совсем обессилел от болезни и голода, среди полночной тишины келья его вдруг озарилась необыкновенным светом, и он увидел перед собой молитвенника всей Русской земли. "Арсений! — воззвал к нему преподобный Сергий. — Господь услышал молитву рабов Своих, и молитвы ради Пренепорочной Матери Своей, Пресвятой Владычицы нашей и Приснодевы Марии, и великих чудотворцев Петра, Алексия и Ионы, с ними же и азъ ходатай быхъ. Заутра град сей предает Господь Бог в руце православных христиан, и врагов ваших низложит". И как бы в подтверждение этого пророчества больной вдруг почувствовал, что к нему возвращаются силы и здоровье. Радостная весть об этом дивном явлении, переходя от одного человека к другому, вскоре перенеслась и за городские стены, воспламенив воинство православное необыкновенным мужеством.
Когда Москва была освобождена от иноземных захватчиков, воины и народ вошли в освобожденную столицу, а навстречу им в сопровождении духовенства вышел святитель Арсений, неся в руках Владимирскую икону Божией Матери. При виде сего чудотворного образа все пали наземь и, проливая благодарные слезы, стали усердно молиться Пресвятой Богородице за помощь в освобождении Отечества. В 1613 году святитель Арсений был поставлен на Суздальскую епархию, которой он правил двенадцать лет.
Через 43 года суздальский архиепископ Стефан сообщал патриарху Иоасафу, что "был на гробу его (святителя Арсения. — НИ.) кирпичный свод, и тот свод и персть осыпались, и люди гроб его видят, и подле той гробницы, не починяя, стоять нельзя". Мощи святителя Арсения, обретенные нетленными, положили в новый гроб и погребли на прежнем месте.
У западной стены левого придела находится могила архиепископа Софрония, который поступил на Суздальскую епархию в 1654 году. В том же году, находясь в Москве, он умер от моровой язвы, которая свирепствовала тогда по всей России. Через 60 лет мощи его при суздальском епископе Игнатии были вынуты из земли и переложены в новый гроб, причем не только тело святителя, но и ризы, в которых он был положен, оказались нетленными.
