Между Каркинитским заливом и озерами Старое и Красное, в южной части Перекопского перешейка, шла вторая полоса обороны противника, глубиной от 6 до 8 км. Здесь имелись 2 позиции, между которыми находился противотанковый ров, многочисленные минные поля и инженерные заграждения. Оборона опиралась на Ишуньские позиции, закрывавшие выход в степные районы Крыма.
Третья полоса обороны (строительство, которой к началу операции закончено не было) проходила по реке Чартылык. В промежутках между этими полосами противник создал отдельные узлы обороны и опорные пункты, использовал усиленное минирование местности.
На побережье Каркинитского залива была организована противодесантная оборона. Генерал Э. Енеке ожидал, что главный удар войска 4-го Украинского фронта будут наносить именно через Перекопский перешеек, где, по его мнению, находился 19-й ТК.
На южном берегу Сиваша перед войсками 51-й армии противник создал две-три оборонительные полосы глубиной 15 - 17 км. Здесь оборону держали 336-я немецкая и 10-я румынская пехотные дивизии. Оборона проходила по перешейкам четырех озер и имела общую протяженность по сухопутью всего 10 км, за счет чего достигалась высокая плотность живой силы, техники и оружия. Местность также усиленно минировалась, насыщалась многочисленными дотами, дзотами, проволочными заграждениями и другими инженерными сооружениями.
Перед войсками Отдельной Приморской армии находилось четыре оборонительных полосы общей глубиной до 70 км.
Главная полоса обороны опиралась на Керчь и окружающие ее высоты. Вторая полоса обороны шла вдоль Турецкого вала (мыс Джабай - озеро Узунлаоское). Третья проходила восточнее населенных пунктов Семь Колодезей, Кенегез, Адык, Обекчи, Карасан. Четвертая полоса перекрывала Ак-Монайский перешеек ("Перпач-позиция").
Оборона готовилась также на рубеже Саки - Евпатория, Сарабуз, Старый Крым, Судак, Феодосия, Карасубазар - Зуя, Алушта - Ялта.
Но ничто уже не могло остановить наступательный порыв советских войск.
30 марта 1944 г. в Мелитополе состоялась встреча представителя Ставки ВГК в Отдельной Приморской армии маршала К.Е. Ворошилова с представителем Ставки ВГК на 4-м Украинском фронте маршалом А.М. Василевским. Во встрече принимали участие генералы: командующий 4-м Украинским фронтом Ф.И. Толбухин, член Военного совета фронта Н.Е.Субботин, начальник штаба С.С. Бирюзов, командующий 8-й воздушной армией Т.Т. Хрюкин. Обсуждались вопросы взаимодействия войск в Крымской наступательной операции, план которой был утвержден Ставкой Верховного Главнокомандования.
