После 1230 г. монголы появились в Армении и стали угрожать иконийскому султану. Сопротивление Гийяса-эд-дина Кей-Хюсрава II (1236–1245) не спасло султаната, и он должен был признать себя данником монголов. Хотя отдаленность Малой Азии от центра монгольской власти дала возможность эту зависимость свести к формальностям, в виде выплаты условленной подати, тем неменее монгольское завоевание существенно изменило существовавший доселе порядок в подчиненных туркам-сельджукам областях. Мелкие владетели в звании бэков, эмиров или ханов, управлявшие отдельными частями, при ослаблении иконийского султаната постепенно получили независимость от центральной власти и образовали в Малой Азии целый ряд небольших феодальных владений, находившихся в постоянной вражде одно с другим. Это именно обстоятельство, приносившее много вреда сельскому населению, подвергавшемуся набегам и опустошениям, создавало для христианских империй такую обстановку, благодаря которой она могла лавировать между враждебными течениями, заключая то политические, то родственные союзы с тем или иным эмиром и ослабляя тем опасность дружного и соединенного турецко-монгольского напора. В особенности трапезундские императоры отличались искусством приобретать себе друзей и союзников между мусульманами посредством браков, выдавая за местных эмиров своих красивых дочерей и сестер.
На фоне событий, развивающихся между 1235 г. (разумеем образование четырех улусов) и 1261 г. (падение Багдадского халифата), на долю Мануила I отмечается несколько военных выступлений. Так, при движении монголов в 1244 г. (великий хан Угедей или Октей) получает значение битва при Коusadae, недалеко от Аrcinga на границе Трапезундской империи, где нанесено поражение сельджукскому султану и его союзникам, между которыми был и Мануил I. С этого же времени нужно полагать начало вассальной зависимости его от монголов. В 1253 г. Рубрук дает об этом точные сведения. Очевидно, с целью выйти из вассальной зависимости, Мануил обращался с письмом к Людовику и просил его о брачном союзе. Наконец, ему принадлежит постройка храма св. Софии неподалеку от Трапезунда.
Для царствования Мануила имеется официальный акт, сохранившийся в библиотеке Ватопедского монастыря на Афоне. При исключительной бедности источниками, афонский акт не должен оставаться неиспользованным, хотя бы значение его и казалось на первый взгляд слишком узким[61]. Это есть выписка из протокола патриаршего поместного собора от 1 января 1260 г., занимавшегося и вопросом о Трапезундской митрополии, заверенная хартофилаком Феодором Ксифилином
