Приходилось чекистам бороться и с бандитизмом, который в годы Гражданской войны в России расцвел махровым цветом по всем городам и весям обширного государства. В Башкирии также активно действовал филиал американской организации по оказанию помощи голодающим Поволжья «АРА», служившей «крышей» для американских разведчиков.
Напомним, что «АРА», или «Американская администрация помощи», была создана в США после Первой мировой войны с целью «оказания продовольственной и иной помощи народам Европы, пострадавшим от войны». Возглавлял ее министр торговли Герберт Гувер. Кадровый аппарат «АРА» в Советской России был полностью укомплектован американскими сотрудниками, которых насчитывалось более трехсот человек. Многие из них были кадровыми разведчиками. Директором «АРА» в России был полковник Хаскель, а его секретарем — разведчик Джон А. Лерс, являвшийся в прошлом консулом США в Петрограде. Установленными американскими разведчиками были также помощник директора «АРА» Мэтьюз Филипп, представлявший эту организацию на юго-востоке России, а также уполномоченные «АРА» в Казани Г. Бойд, на Украине — полковник Гров, в Белоруссии — армейский разведчик Харди, в Одессе — полковник Хайнес. В Башкирии эту организацию представлял Крейг, также являвшийся кадровым американским разведчиком.
В Башкирии Наум Эйтингон служил до мая 1923 года. Затем он был отозван в Москву и получил назначение на работу в Восточный отдел Секретно-оперативного управления ГПУ. Это подразделение являлось самостоятельной структурной единицей в составе ГПУ и занималось вопросами борьбы с контрреволюцией на Востоке. Решение о создании Восточного отдела было принято постановлением Политбюро ЦК РКП (б) в 1919 году по предложению Ф.Э. Дзержинского. 2 июня 1922 года Восточный отдел был подчинен Секретно-оперативному управлению ГПУ и его возглавил Владимир Стырне. Отдел был призван объединить работу чекистов на Кавказе, в Туркестане, Башкирии, Татарии и в Крыму, а также в Хивинской и Бухарской народных советских республиках в сфере «специфической восточной контрреволюции и шпионажа». Вскоре начальником Восточного отдела стал член коллегии ОГПУ Яков Христофорович Петерс.
Наум Эйтингон, которому не исполнилось еще и 24 лет, был назначен на должность помощника начальника отделения Восточного отдела. Но поскольку образования у него явно не хватало, руководством отдела было принято решение направить его на учебу на Восточный факультет Военной академии РККА, которую в то время возглавлял бывший генерал-майор царской армии Павел Лебедев. В апреле 1924 года его сменил Михаил Васильевич Фрунзе, являвшийся до того времени председателем Реввоенсовета СССР. Позже академия стала носить его имя. Начальником Восточного факультета в те годы был бывший морской офицер Борис Иванович Доливо-Добровольский, выдающийся лингвист. На Восточном факультете будущие разведчики изучали военные и общеобразовательные дисциплины, а также овладевали иностранными языками.
