Из госпиталя Наум Эйтингон вышел только в марте 1922 года. Он сразу был назначен членом коллегии Башкирского отдела ГПУ и вскоре выехал в Стерлитамак, являвшийся в то время столицей автономной республики.
В конце 1921 года в Башкирии возникла критическая ситуация. В республике сложились ненормальные отношения между местной ЧК и национальным башкирским руководством. Несмотря на то, что в Башкирии уже была установлена советская власть, некоторые местные советские работники, не разобравшись в обстановке, а иногда и отдавая дань пережиткам прошлого, проявляли открытое недоверие к башкирским руководителям. Ответной реакцией стали вспышки буржуазного национализма среди башкир. Обострилась национальная рознь между башкирами и татарами. Тяжело сказались на настроениях людей неурожай и голод.
Не все гладко шло в Башкирии и с созданием местного государственного аппарата, регулярно возникали разногласия на почве межнациональных отношений.
В целях исправления создавшегося положения ЦК РКП (б) принял решение сменить руководство ЧК автономной республики.
Положение в республике усугублялось еще и тем, что башкирское население оставалось крайне недовольно проведенной до революции столыпинской аграрной реформой, в результате которой переселенцы из Центральной России получили лучшие земельные наделы. Этим обстоятельством воспользовались башкирские националисты, которые выдвинули лозунг: «Всю землю Башкирии — только башкирам». Таким требованием, в свою очередь, были недовольны татары, являвшиеся более развитыми в экономическом отношении.
Лидером башкирских националистов стал 27-летний сын сельского муллы, получивший хорошее образование, Ахмет-Заки Валидов. В марте 1919 года была создана Башкирская Автономная Республика в составе РСФСР, столицей которой до июня 1922 года был город Стерлитамак. Валидов возглавил Башкирский ревком и вскоре вступил в РКП (6). Именно при нем начались гонения на лиц татарской и русской национальностей. Ситуация осложнилась еще и тем, что в 1920 году в Белебеевском, Бирском и Мензелинском уездах Башкирии вспыхнуло крестьянское восстание, получившее название «Черный орел» и проходившее под оригинальным лозунгом: «Долой коммунистов, да здравствуют большевики и свободная торговля».
В декабре 1921 года председателем Башкирской ЧК был назначен видный чекист Николай Волленберг.
В короткий срок Волленбергу и присланным ему в помощь чекистам, среди которых был Наум Эйтингон, удалось нормализовать обстановку в республике и создать необходимые условия для се развития.
