Гвардейцы низложили Петра III и возвели на трон его жену Екатерину И. Для захвата власти она обратилась вначале к измайловцам — просто из-за удобства, а не по политическим соображениям: их казармы находились ближе к ее резиденции. Да и к тому времени состоявший когда-то исключительно из прибалтийских немцев Измайловский полк основательно обрусел. Но перед тем как отправиться вскачь к своему свергнутому мужу, чтобы огорошить его этой новостью, Екатерина старательно повторила прием Елизаветы при проведении переворота — облачилась в форму Преображенского полка. Причем надела форму преображенцев старого образца, а не прусского, навязанного Петром III.
Укрепив свою власть, Екатерина, немка по происхождению, оказалась такой же двуличной в отношении политической полиции, как и любой другой подлинно русский правитель. Она тоже объявила о роспуске Тайной розыскных дел канцелярии и тоже держала в секрете, что место канцелярии заняла Тайная экспедиция. Императрица также оставила на своей должности Шешковского, но теперь он должен был докладывать не всему составу Сената, а его руководителю, который именовался генерал-прокурором.
Единственного оставшегося законного соперника Екатерины неудачливого Ивана IV убили гвардейцы в Шлиссельбургской крепости во время попытки офицеров-заговорщиков освободить его. Шешковский, не зная о заговоре, ничего не предпринял, чтобы помешать ему, но сыграл. основную роль при расследовании, которое привело к казни взбунтовавшихся военных. Он особенно был силен при допросах своих жертв, которые обычно проводились уже после совершения ими каких-либо неугодных режиму деяний-. Тайная полиция при Шешковском больше полагалась на пытки, нежели на внедрение своих людей в ряды потенциальных бунтовщиков. Прикидываясь набожным человеком — как это делал до него Иван Грозный, — он украсил свои камеры для допросов иконами и там монотонно читал молитвы, чтобы заглушить крики истязаемых плетью или орудием, которое особенно нравилось русским; — кнутом. Относя себя к числу лиц благородного сословия, он лично занимался только представителями высших классов, оставляя обработку менее достойных своим подручным.
Как и в случае со шлиссельбургскими заговорщиками, Шешковский, хоть он и называл себя сторожевым псом Екатерины, заранее ничего не узнал и о двух других попытках скинуть императрицу. Правда, претензии на трон так называемой княжны Таракановой носили скорее комический характер, хотя к этой попытке в конечном счете отнеслись так, будто она представляла реальную угрозу для престолу. После того как княжну в лучшей манере КГБ похитил в Далмации Алексей Орлов, ее передали Шешковскому перед тем, как отправить в темницу Петропавловской крепости на пожизненное заключение. Знаменитый казак-бунтовщик Пугачев был также пойман не политической полицией, а армейскими отрядами и лишь после того, как его выдали товарищи, после чего он и оказался в ведомстве Шешковского. Но последующие допросы инсургента, должно быть, разочаровали главу Тайной экспедиции, поскольку Екатерина дала строгое указание, чтобы предводителя бунтовщиков не пытали. Однако можно не сомневаться в том, что Шешковский вовсю использовал иконы, молитвы и другие приемы, когда допрашивал менее значимых людей из окружения Пугачева.
