Этот сюжет очаровал благородного Бетховена; впоследствии среди его книг нашли экземпляр партитуры Гаво. Он считал немецких писателей не способными составить хорошее либретто и однажды в присутствии Вебера высказал сожаление по этому поводу. На его взгляд, двумя лучшими либреттистами были Жуй, автор текста «Весталки», и Буйи, на либретто которого Керубини написал оперу «Водонос, пли Два дня». Как свидетельствует эскизная тетрадь, со второй половины 1803 года Бетховен принялся за работу. «Из всех моих детищ, — заявил он, — именно это причинило мне наихудшие страдания». Либретто Зоннлейтнера довольно точно воспроизводит текст Буйи, если не считать того, что переводчик разделил пьесу на три акта. Интересно, что одни лишь наброски составляют том в триста пятьдесят страниц; известно восемнадцать вариантов арии Леоноры «О, приди, надежда» и арии Флорестана «Это дело моей юности». Поражает, с каким трудом Бетховену удается избегнуть банальностей, когда он пишет для пения, и в то же время — столько свежести и свободы при обращении к инструментальной музыке. В эту пору он помышляет о женитьбе на Жозефине Брунсвик, ставшей свободной после смерти графа Дейма. Но вскоре иллюзии рассеялись: публикуя в сентябре 1805 года написанную для Пени песню «К надежде», он вычеркнул посвящение. И все-таки желание вступить в брак, видимо, владело им и проявилось в «Фиделио». Осенью 1805 года сочинение было, наконец, готово для постановки, для того самого первого спектакля, состоявшегося 20 ноября; в роли Фиделио выступила юная Анна Мильдер, старый Деммер пел Флорестана. Бетховен сам дирижировал оркестром перед полупустым залом; большинство публики составляли французские офицеры. Керубини был в театре. Улыбающийся и недоброжелательный, он изощрялся в насмешках, не испытывая ни малейшей признательности за то уважение, которое Бетховен непрестанно ему выказывал.
Весной того же года автор «Ахилла на Скиросе» принял приглашение приехать в Вену и написать там оперу для Императорского театра. Несмотря на восторг, вызванный увертюрой, арией «Юные девы с кротким взглядом», долгое время пользовавшейся популярностью, а также знаменитой сценой грозы, двухактный «Анакреон» не завоевал прочного успеха. Вместе с женой и дочерью Керубини поселился на берегах Дуная, сблизился с престарелым Гайдном, успел поставить «Лодоиску» и был занят сочинением «Фаниски», премьера которой состоялась 25 февраля 1806 года в театре «Кернтнертор», в присутствии Франца II и всего двора. Наполеон не слишком ценил произведения Керубини; передают одну из их бесед.
