Петр подозревал сестру и приказал пытать стрельцов сильнее, чтобы вынудить у них показания, обвиняющие Софью. 30 сентября при въезде в каждые ворота Москвы были построены по две виселицы, каждая из которых была предназначена для шести бунтовщиков. 30 сентября на этих виселицах был казнен 201 человек. Через 10 дней 200 других бунтовщиков были повешены на бойницах кремлевской ограды, а через три дня несколько сот человек были повешены на ограде Белого города, так называемой Белой стене (1:69). Затем снова пытали как стрельцов, так и стрелецких жен.
Новые казни ежедневно проводились в Москве на Красной площади с 11 до 21 октября. Одним ломали руки и ноги колесами, другим рубили головы, большую часть стрельцов вешали. 11 октября было казнено 144 человека, 12 октября — 205 человек, 13 октября — 141 человек, 17 октября 109 стрельцам отрубили головы в Преображенском селе. Этим занимались по приказанию царя бояре и думные люди, а сам царь, сидя на лошади, смотрел на это зрелище. 18 октября были казнены 65 человек, 19 октября — 106 человек. 21 октября перед Новодевичьим монастырем повесили 195 человек, прямо перед кельями царевны Софьи. Троим из них, висевшим под самыми окнами, дали в руки бумагу в виде челобитных. Последние казни над стрельцами совершены были в феврале 1699 г. Тогда в Москве было казнено разными казнями 177 человек. Всего было казнено около 2000 стрельцов; биты кнутом, клеймены и сосланы 601 (преимущественно несовершеннолетние). Пятерым стрельцам Петр I отрубил головы лично. Головы казненных стрельцов были водружены на колья и выставлены на всеобщее обозрение. Тела казненных лежали неприбранные до весны, и только тогда велено было зарыть их в ямы близ разных дорог в окрестностях столицы, а над их могилами специальным указом велено было поставить каменные столбы с чугунными досками, на которых были написаны их вины; на столбах были закреплены спицы с воткнутыми на них головами казненных (41: Гл. 13. Софья).
Софья по приказанию Петра была пострижена под именем Сусанны в том же Новодевичьем монастыре, в котором жила прежде. Дворовые места стрельцов в Москве были розданы, а строения проданы. Следствие и казни продолжались до 1707 г. В конце XVII — начале XVIII века 16 стрелецких полков, не участвовавших в восстании, были расформированы, а стрельцы с семьями высланы из Москвы в другие города и записаны в посадские.
При Петре в ноябре 1724 г., пожалуй впервые в российской истории, «за взятку и казнокрадство» был обезглавлен любимец императрицы Виллим Монс. На его казнь Петр привез Екатерину и показал ей насаженную на шест голову казненного.
