14 июня 1866 года он объявил Германский союз «недействительным». В результате остальные немецкие государства приняли решение о создании органа союзной исполнительной власти, направленного против правонарушителя — Пруссии. Практически война против Пруссии велась коалицией большинства немецких государств под предводительством Австрии. Бисмарк обратился к немецкому народу, чтобы противостоять тому ужасу перед «братоубийственной войной», которым была охвачена вся нация: «В течение полувека Германский союз был оплотом не единства, а раздробленности нации, утратил вследствие этого доверие немцев и на международной арене стал свидетельством слабости и бессилия нашего народа. В эти дни Союз собираются использовать для того, чтобы призвать Германию обратить оружие против того из союзников, который внес предложение о формировании германского парламента и тем самым сделал первый и решающий шаг по пути удовлетворения национальных чаяний. У войны против Пруссии, которой так домогалась Австрия, отсутствует союзно-конституционная основа; для нее нет никакой причины и ни малейшего повода».
Единственное сражение, которое произошло при Кениггреце 3 июля 1866 года, решило исход войны быстрее, чем ожидал Бисмарк, благодаря ярко проявившимся новым тенденциям в прусской армии, и в первую очередь благодаря продуманному руководству Мольтке. До заготовленных предусмотрительным премьером взрывоопасных элементов национал-революционного толка просто не дошла очередь. В предложении о заключении перемирия, последовавшем от австрийской стороны непосредственно после сражения, «министр конфликтов» усмотрел шанс достичь целей, имевших решающее значение для усиления Пруссии. При этом можно было не разжигать пламени национального революционного движения, таящего в себе угрозу существованию общеевропейской государственности. Генерал фон Штош, чрезвычайно критично настроенный по отношению к главе прусского правительства, будучи под глубоким впечатлением от превосходства Бисмарка в этой ситуации, заявил: «Он удивительно ясно и живо изложил требования, которые следовало положить в основу мирного соглашения: исключение Австрии из состава Германии, объединение Северной Германии, по конфессиональной принадлежности преимущественно протестантской, как начального этапа движения к крупномасштабному единству…
Впервые я наблюдал Бисмарка в личном общении, и охотно признаю, что впечатление, которое он произвел, просто потрясло меня. Ясность и величие его взглядов доставили мне высшее наслаждение; он судил обо всем уверенно и здраво, каждая его мысль свидетельствовала о широте кругозора». В день сражения при Кениггреце лондонская «Тайме» с восхищением сообщала: «Он единственный человек в Германии, который знал, чего хочет; без него стремление немцев, народа морально несмелого, к единству никогда не воплотилось бы в жизнь».
