Полный курс обучения в училище был рассчитан на два года. В младшем классе изучали общеобразовательные предметы: Закон Божий, русский язык, математику, историю и географию, воинские уставы. В старшем классе — русский язык, воинские уставы, тактику, сведения об оружии, военную администрацию с необходимыми сведениями о способах обучения подчиненных, сбережении здоровья в войсках, военном судопроизводстве и военно-уголовных законах, некоторые сведения об артиллерии, полевую фортификацию, топографию. Для практического изучения воинской службы после первого курса юнкера распределялись по ближайшим частям. Юнкера старшего класса летом занимались в поле съемками, разбивкой и трассировкой окопов. После завершения учебы юнкера выпускались в полк, где производились в первый офицерский чин прапорщика.
Пехотное юнкерское училище уступало в престиже другим военным учебным заведениям Москвы. Его выпускник, в будущем Маршал Советского Союза Б.М. Шапошников вспоминал: «Училище размещалось в Лефортове, в Красных казармах — старинном двухэтажном здании с толстыми стенами, мрачными, пропускавшими мало света окнами, с большим коридором посередине, с асфальтовыми полами. По красоте и удобству оно далеко уступало расположенному на Знаменке зданию Александровского военного училища… Даже кадетские корпуса были в более благоустроенных зданиях, чем наше училище». Впрочем, не следует думать, что качество образования, которое будущие офицеры получали в юнкерских училищах, было ниже, чем, скажем, в училищах военных. Германский майор фон Теттау, посетивший в 1904 году некоторые части русской армии, в том числе и 125-й пехотный Курский полк, на 85 процентов укомплектованный выпускниками юнкерских училищ, отметил следующее: «Общество офицеров производило отличное впечатление людей хорошо воспитанных, как в смысле военном, так и житейском».
В 1897 году Московское пехотное юнкерское училище было преобразовано в Московское военное, а в 1906—1917 годах называлось Алексеевским военным училищем в честь наследника русского престола великого князя Алексея Николаевича.
В апреле—мае 1876-го 19-летний Михаил сдавал в училище выпускные экзамены, в июле был переименован в портупей-юнкера и откомандирован в полк. По прошению Алексеева им стал расквартированный в Витебске 64-й пехотный Казанский, где продолжал служить в чине майора его отец. Звание портупей-юнкера было промежуточным между юнкерским и офицерским: по выходе из училища портупей-юнкера получали особое жалованье в 100 рублей в год, имели право на серебряный офицерский темляк на холодном оружии и особый золотой шеврон, нашивавшийся углом кверху над обшлагом левого рукава. В полку на портупей-юнкеров налагались офицерские обязанности, а по наложению взысканий они приравнивались к офицерам. По производству в первый офицерский чин им выдавалось 100 рублей на приобретение мундира.
