Перевод М.В. Алексеева в Киев был частью крупной реформы в армии — 13 ноября 1908 года Ф.Ф. Палицын лишился должности, ГУГШ был подчинен Военному министерству, а 2 декабря 1908 года Генштаб возглавил генерал от инфантерии В.А. Сухомлинов, относившийся к Алексееву крайне недоброжелательно (через год Сухомлинов стал военным министром).
В Киеве Михаил Васильевич прослужил четыре года. В должности начальника штаба округа он был удостоен ордена Святого Владимира 2-й степени (6 декабря 1911 года), после чего 12 июля 1912 года получил под командование 13-й армейский корпус. В его состав входили 1-я и 36-я пехотные дивизии, 2-я отдельная кавалерийская бригада, 13-й мортир-но-артиллерийский дивизион, 5-й тяжелый артиллерийский дивизион и 13-й саперный батальон. Дислоцировался корпус в родных местах генерала, на Смоленщине.
Конечно, в армии ссылки не бывает — бывает перемена места службы. Но для Алексеева, чей авторитет в Генеральном штабе в начале 1910-х годов был очень высоким, назначение в Киевский округ и 13-й армейский корпус были переводами с понижением. Тем более что буквально через десять дней после назначения Алексеева комкором произошел неприятный эпизод во время смотра на Бородинском поле — из строя вышел солдат и подал Николаю II прошение. Этим поспешили воспользоваться недоброжелатели Алексеева, обвинившие генерала в развале дисциплины в его корпусе. В вину Алексееву ставилось, в частности, то, что он ни разу не устроил церемониальный смотр своего корпуса, ссылаясь на необходимость войскам заниматься не этим «театром», а боевой подготовкой. «При крайне враждебном к нему отношении военного министра Сухомлинова и при ряде совершенно неподготовленных к своей важной задаче начальников Генерального штаба, Алексеев не мог иметь какого-либо решающего влияния в постановку общих стратегических вопросов», — с горечью констатировал в своих воспоминаниях генерал-лейтенант В.Е. Борисов.
Красноречивым примером недоброжелательного отношения к Алексееву высшего военного руководства страны служит эпизод, случившийся в марте 1914 года. Тогда освободился пост начальника Генерального штаба, и редактор журнала «Русская старина» генерал Воронов обратился к военному министру В.А. Сухомлинову:
— Все знающие русское военное дело люди просят, чтобы был назначен генерал Алексеев, который вполне этого достоин и имеет на то все права.
— Генерал Алексеев не может быть назначен, — ответил Сухомлинов.
