Когда же непосредственная угроза Москве миновала, Николая Прокопюка командировали в Особый отдел Юго-Западного фронта (базировался в Воронеже), где он вместе со Станиславом Алексеевичем Ваупшасовым возглавил Опергруппу, в задачу которой входили организация и проведение глубокой разведки в тылу противника на Киевском направлении[80] (Киев и Харьков).[81] Здесь проявилось оперативное мастерство бывшего пограничника. Транспортные самолеты, которые летали за линию фронта, не только доставляли разведывательно-диверсионные группы, но и сбрасывали листовки. Такой нехитрый трюк позволил скрыть факт выброски десантников.[82]
А вот Станислав Алексеевич Ваупшасов рассказал о другом эпизоде их боевой деятельности:
«…мы должны были подготовить и послать в тыл противника две оперативные группы лыжников-пограничников. Перед ними стояла задача взорвать немецкие военные склады, поджечь хранилища горючего и тем самым подорвать боеспособность фашистских войск.
Обосновавшись в особом отделе фронта, мы провели подготовку на высшем уровне. Бойцы, отобранные для выполнения диверсионной операции, все как на подбор были опытными, обстрелянными воинами, хлебнувшими немало лиха в дни и месяцы нашего отступления. Они рвались в дело, горели жаждой боевых подвигов во славу Отечества. Однако запланированная операция не удалась.
В то утро, когда мы провели лыжников в тыл врага, началось наступление наших войск, и диверсанты, еще не добравшись до складов противника, оказались в лавине наступавших бойцов. Танковый генерал посочувствовал неудачникам, посадил их на броню своих машин и забросил возможно дальше вперед. Они вновь встали на лыжи и пошли к цели, но их вновь настигли наступающие части. Так наши пограничники и не сумели выполнить задание: полевые войска их все время опережали, и надобность в уничтожении складов попросту отпала, потому что они были захвачены Красной Армией вместе со всем содержимым».[83]
Одновременно с ноября 1941 по январь 1942 года Николай Прокопюк занимал должность старшего оперуполномоченного 16-го отделения 2-го отдела НКВД СССР. А с января 1942 года — начальник отделения Четвертого управления НКВД СССР.[84]
В начале июня (по другим данным — в мае[85]) 1942 года Николая Прокопюка отозвали в Москву для выполнения спецзадания: он должен был сформировать разведгруппу и с ней высадиться в глубоком тылу противника. Причем пребывание за линией фронта никакими сроками не ограничивалось.
