Австрийский дипломат Иоганн Корб, присутствовавший на казнях, писал: «Эта казнь резко отличается от предыдущих; она совершена весьма различным способом и почти невероятным: 330 человек за раз, выведенные вместе под роковой удар топора, облили всю долину хотя и русской, но преступной кровью; эта громадная казнь могла быть исполнена потому только, что все бояре, сенаторы царства, думные и дьяки, бывшие членами совета, собравшегося по случаю стрелецкого мятежа, по царскому повелению были призваны в Преображенское, где и должны были взяться за работу палачей. Каждый из них наносил удар неверный, потому что рука дрожала при исполнении непривычного дела; из всех бояр, крайне неловких палачей, один боярин отличился особенно неудачным ударом: не попав по шее осужденного, боярин ударил его по спине; стрелец, разрубленный таким образом почти на две части, претерпел бы невыносимые муки, если бы Алексашка, ловко действуя топором, не поспешил отрубить несчастному голову…»
Софья же, как обладательница романовской крови, казни избежала: она была пострижена в монашество под именем Сусанны. Петр очень хотел обвинить и ее, была арестована кормилица Софьи Вяземская и четыре ее постельницы, которых подвергли жестоким пыткам. Но ни о каких письмах Софьи в полки они так и не сообщили.
Под окном кельи Софьи были повешены 195 человек, а троим из них, висевшим ближе всех, дали в руки челобитные, в которых Софья призывалась на царство. Тела казненных провисели под ее окнами пять месяцев, и лишь после этого Петр позволил закопать их на окраинах Москвы, поставив в тех местах каменные столбы с чугунными досками, на которых перечислялись вины стрельцов, а на спицах, выходящих из столбов, были развешаны головы похороненных.
В монастыре Софья прожила не очень долго и вскоре умерла: в 1704 году.
В 1922 году монастырь был закрыт, а на его территории был устроен Музей раскрепощенной женщины. Но с 1943 года монастырь стали постепенно возвращать церкви. С 1964 года здесь находится резиденция митрополитов крутицких и коломенских, а с 1994-го возобновлена и монашеская община. Также здесь находится и филиал Государственного исторического музея.
Софью содержали в Напрудной башне, и говорят, что до сих пор здесь бродит ее призрак. Ходят по пруду и души казненных здесь стрельцов, которые так и не смогли обрести себе покоя. Считается, что Софья исполняет просьбы к ней обращающихся, и потому у Напрудной башни оставляют записки, а также прикладываются к ней ладонями и телом, прося у Софьи исцеления и исполнения желаний.
