Вскоре он сам прибыл в столицу. Софья была заключена в Новодевичий монастырь, Шакловитый казнен, а Иван, встретивший Петра в Успенском соборе, фактически отдал ему правление. 29 января 1696 года Иван умер, но до этого времени продолжал быть царем. Петр, впрочем, не особо утруждал себе государственными делами: за него фактически правили Нарышкины. И лишь еще одна попытка стрелецкого бунта заставила его окончательно взять власть в свои руки.
В марте 1698 года в Москве появились 175 стрельцов, дезертировавших из четырех стрелецких полков, что участвовали в Азовских походах. Претензий к властям у них было много: и притеснения полковников, и непомерные тяготы службы, и то, что вместо Москвы из Азова гарнизоны вернули в Великие Луки. Стрельцы хотели подавать жалобу, но их попытались арестовать. Тогда они укрылись в слободах и установили связь в находящейся в монастыре Софьей. Это еще больше испугало власти, и 4 апреля 1698 года против стрельцов послали солдат Семеновского полка. Вскоре «челобитчиков» выбили из города, и те были вынуждены вернуться к себе в полки, где началось брожение.
6 июня стрельцы сместили своих начальников и двинулись к Москве, желая посадить на престол Софью. Но на подступах к столице их войско было разбито регулярной армией, хоть и уступавшей им в количестве, но, видимо, превосходившей дисциплиной и уровнем подготовки.
Начались казни: 22 и 28 июня были повешены 56 «пущих заводчиков» бунта, 2 июля — еще 74 «беглеца» в Москву. 140 человек были биты кнутом и сосланы, 1965 человек — разосланы по городам и монастырям.
Петр срочно вернулся из-за границы и начал следствие заново: с сентября 1698 по февраль 1699 года казнили, по официальным данным, еще 1182 стрельца. Впрочем, многие современники упоминали другую цифру, утверждая, что от петровского «великого розыска» лишились жизни 7000 человек. Еще 601 человек был бит кнутом, клеймен и сослан. Это были, в основном, несовершеннолетние дети стрельцов. Следствия и казни продолжались еще до 1707 года, но уже, естественно, не так кроваво. Стрелецкие полки расформировали, а стрельцов с семьями, даже не участвовавших в смутах, выслали из Москвы.
В казнях стрельцов с большим удовольствием принимал участие и сам Петр, и его окружение. Меншиков позже хвалился, что собственноручно срубил двадцать голов. Петр же казни начал, отрубив первые пять голов. Полковник Блюмберг и Лефорт принимать участие отказались, мотивируя тем, что в их землях «такого не водится».
