Относительно нижних чинов мнение Грейга было следующим: «Принимая с одной стороны во внимание совершенную готовность их к защите, а с другой, привычку к слепому, почти, повиновению своим начальникам, что составляет главное достоинство дисциплины, и, чувствуя, сколь затруднительно должно быть для нижних чинов в критических обстоятельствах видеть и различить ту черту, за пределами которой они освобождаются от повиновения начальникам и делаются распорядителями их; равномерно, соображая о крайнем затруднении, в котором бы находились нижние чины, приняв на себя власть, действовать без начальства, нахожу требуемое законом (артикул 73) воспрепятствование со стороны нижних чинов сдаче фрегата, против желания начальников их, невозможным к исполнению».
Получив решение военного суда с приложением «особого» мнения адмирала Грейга, император Николай повелел: «Лейтенанта Броуна, мичмана Вердемана, лекаря Дорогоневского, шкиперского помощника Цыганкова и всех нижних чинов — простить. Стройникова, лишив чинов, орденов и дворянского достоинства, сослать в Бобруйск в арестантские роты; прочих офицеров разжаловать в рядовые до выслуги».
В ходе расследования в деле «Рафаила» вскрылась и еще одна гнусность, причем такая, равной которой в истории нашего флота уж точно не было. Авторами ее были два негодяя — командир фрегата и его старший офицер. Именно они фактически составили заговор по сдаче судна, это они давили на офицеров, не стесняясь прямых угроз, и это они, наконец, обвинили виновными в сдаче «Рафаила» своих матросов. Что ж, порой действительно бывало так, что команда выходила из повиновения своих офицеров. Так, в 1787 году после тяжелейшего поединка со всем турецким флотом и посадки на мель команда плавбатареи № 2 вышла из повиновения капитана 2-го ранга Веревкина и отказалась рубить днище. Но тогда был тяжелейший многочасовый бой, полностью расстрелянный боезапас и огромные потери. В деле же «Рафаила» не было ни того ни другого. При этом, к чести Веревкина, он нисколько не обвинял своих матросов, взяв всю вину за случившееся на себя.
По версии Стройникова, именно матросы, фактически выйдя из повиновения, заявили, что не желают взрывать фрегат, а предпочитают сдачу в плен, а потому у него просто не оставалось выбора… Ну а как же все обстояло на самом деле?
Отметим, что, несмотря на то что в команде «Рафаила» было много рекрутов, в целом она была весьма опытная. Чтобы понять это, достаточно еще раз посмотреть боевые дела фрегата в 1828—1829 годах: непрерывные крейсерства и походы, бомбардировки крепостей и высадки десантов. Поэтому даже рекруты, прибывшие на фрегат к моменту его вступления в боевой строй, на самом деле к маю 1829 года уже имели немалый боевой опыт. Да и к качке команда уже попривыкла, а потому утверждение, что матросы валялись в беспамятстве и не желали ничего делать, — очередная напраслина на матросов организаторами сдачи. Во время суда матросы «Рафаила» дали показания, которые полностью изобличали командира и старшего офицера в обмане.
