В заключение рапорта Грейг писал: «Осмеливаюсь всеподданнейше доложить, что весьма много есть примеров, где английские и французские суда сдавались без боя превосходному против них неприятелю и командиры их были оправданы, и если этого нельзя отнести к экипажу фрегата “Рафаил”, как не исполнившему предписанного законом, за всем тем, никакая морская держава не может считать сдачу его бесчестием для русского флота потому, что командиры судов их, следуя законам своего отечества, не только в положении, подобном нашему фрегату, но и при несравненно меньшем превосходстве неприятеля, могли бы сдаться без обороны».
Однако из Петербурга следует окрик. Николай I не просто возмущен, а взбешен происшествием на Черноморском флоте. Поняв, что спасти Стройникова ему уже не удастся, зато он может лишиться доверия императора, адмирал Грейг сразу же меняет мнение на противоположное: «Стройникова казнить смертию…»
Вскоре после подписания мира между Петербургом и Константинополем Казарский доставляет в Николаев офицеров и команду «Рафаила». Сразу же начинается следствие, а затем и суд. Однако незадолго до начала процесса происходит неожиданное — уходит из жизни один из главных фигурантов дела. Официально было объявлено, что капитан-лейтенант Киселев умер в Сизополе до начала военного суда. По слухам, он не умер, а сам свел счеты с жизнью, понимая, что впереди у него пустота…
Из приговора военного суда: «Капитана 2-го ранга Стройникова за отступление от данной ему инструкции взятием курса вместо Трапезонда на Амасеру, что подвергло его встрече с неприятельским флотом; за несообразное с законами собирание консилиума, причем нерешительностью своею вовлек в такую же нерешительность и всех подчиненных ему офицеров, а паче молодых и неопытных; за неправильное донесение о сопротивлении нижних чинов и, что многие из них по причине качки не находились при своих местах и наконец, за сдачу фрегата без боя — казнить смертию. Офицеров за невоспрепятствование, по содержанию артикула 73, сдаче фрегата — казнить смертию. Нижних чинов, за исключением находившихся в крюйт-камерах, трюме и на кубрике, за неприятие мер, по силе того же артикула — казнить смертию по жребию десятого».
Адмирал Грейг имел на сей счет свое мнение: «Стройникова казнить смертию. Лейтенанта Броуна, как бывшего в болезненном состоянии и не имевшего бодрости духа, подобно здоровому, подвергнуть аресту с содержанием на гауптвахте. Унтер-лейтенанта Панкевича, хотя не употребившего никаких мер к исполнению закона, но предлагавшего защищать фрегат, содержать арестованным в продолжение года на гауптвахте. Мичмана Вердемана, находившегося в крюйт-камере, шкиперского помощника Цыганкова и лекаря Дорогоневского оставить свободными от наказания. Наконец, всех прочих офицеров разжаловать в рядовые с лишением дворянского достоинства».
