Уже в начале прошлого века Обручев начал публиковать под псевдонимом «Ш. Ерш» (cherche — по-французски «ищи») в местной газете фельетоны. В 1914 начал писать два научно-фантастических романа «Земля Санникова» и «Плутония», которые были опубликованы значительно позже.
Идея «Плутонии» (1924) появилась у Обручева после прочтения «Путешествия к центру Земли» («Voyage au centre de la Terre», 1864) Жюль Верна. Книга Жюль Верна превосходна! Но в ее основе несуразные гипотезы с точки зрения науки. Согласно официальной версии Владимир Афанасьевич решает написать подобную же книгу, но без вольных допущений. Однако, мало кому известно, что Обручев, впрочем, как и многие российские авторы того времени, всего лишь использовал чужие наработки. В свое время, помимо Жюль Верна, ему в руки попала достаточно наивная книга, во многом безграмотная как с точки зрения географии, так и палеонтологии, а именно роман поляка Э. Маевского «Профессор Допотопнов», изданная в Санкт-Петербурге в 1900 году; ее сюжет во многом повторяет перипетии романа «Плутония».
Герои «Плутонии» — шесть исследователей — проникают внутрь Земли сквозь огромное отверстие, расположенное далеко на севере, среди льдов Антарктики. В ином краю светит крохотное солнце, его путешественники называют Плутоном, а весь подземный мир — Плутонией. Роман написан в форме путевого дневника. Сам автор не верил в гипотезу о пустой Земле.
Второй его фантастический роман «Земля Санникова» (1926) основан на гипотезе, которая представлялась Обручеву реальной. Тогда многие спорили, что узрел в 1811 году Яков Санников в Ледовитом океане, землю или плавающий остров? Речь идет об исчезающих полярных островах (ученые пришли к выводу, что они состоят из ископаемого льда, чуть прикрытого песком). Горюнов — главный герой — вместе с несколькими спутниками попадает на этот оазис среди льдов, где живет племя свободных онкилонов, чьи древние враги — первобытные люди — вампу. Онкилоны тепло встретили экспедицию и поселили их у себя. Все было в порядке, пока одно из землетрясений не нарушило естественные подземные ходы, по которым шло тепло из глубин. Тогда онкилоны начали воспринимать белых людей как зло. Подземные катаклизмы уничтожили землю Санникова, но экспедиция сумела спастись, доставив материалы о ней в Петербург профессору Шенку.
«Плутония» и «Земля Санникова» не единственные научно-фантастические произведения В. А. Обручева. Он написал повесть «Путешествие в прошлое и будущее» (1961), которой хотел продолжить «Машину времени» Г. Уэллса, а так же повесть «Полет по планетам» (1950), основанную на работах Циолковского.
