В 1475 г. Иван III по просьбе младших граждан приехал в Новгород на суд. Простой люд, увидев правый суд великого князя над виновными, в том числе и знатными боярами, стал искать правосудия в Москве. В 1477 г. два представителя новгородского веча в своей челобитной назвали Ивана III и его сына государями, тем самым, признавая их власть над Великим Новгородом. Новгородцы отказались от слов своих сограждан. Обвинив Новгород во лжи и клятвопреступлении, Иван III выступил против него в поход. В середине января 1478 года Новгород признал власть великого князя и был приведен к присяге. Новгородская олигархическая республика была ликвидирована, а вечевой колокол, символ независимости, свезен в Москву.
Осенью 1479 года Ивану III донесли, что Новгород вновь пересылается с Казимиром IV и зовет его к себе, король обещает освободить город от власти великого князя и приглашает большеордынского хана Ахмата (Хан в 1465–1481 гг.) к совместному нападению на Москву. В это же время против великого князя составили заговор его родные братья — Андрей Большой Горяй (Кн. Углицкий и Звенигородский в 1462–1492 гг.) и Борис (Кн. Волоцкий в 1462–1494 гг.). Младший брат Андрей Меньшой (Кн. Вологодский в 1462–1481 гг.) всегда поддерживал старшего брата. Черная кошка пробежала между братьями после смерти брата Юрия (Кн. Дмитровский в 1462–1473 гг.), когда Иван III взял себе весь его удел, ничего не выделив братьям. В 1478 г. братья участвовали в покорении Великого Новгорода, но опять положенную им согласно традиции долю в новгородских землях не получили. Кроме того, в 1479 г. Иван III лишил братьев права удельных князей принимать к себе отъехавших бояр. Свои семьи братья отправили к Казимиру, а сами уехали на границу с Литвой в Великие Луки.
Новгородцы, уверовав в помощь Литвы, прогнали наместников великого князя и избрали посадника и тысяцкого. Иван III в третий раз осадил мятежный город. Новгородцы опять не получили помощи от Литвы и сами не имея достаточно сил для обороны, впустили великого князя в город. Главные зачинщики мятежа (около 150 человек) были арестованы и казнены. Более восьми тысяч семей было переселено на земли Московского княжества.
Хан Ахмат, хорошо осведомленный о мятеже братьев великого князя, о войне с Великим Новгородом, договорился действовать совместно с Казимиром. В 1480 г. Ахмат повел на Москву стотысячное войско. Иван III пошел братьям на уступки и заключил с ними мир.
