Рано утром 4 ноября Пугачева ввезли в Москву и допрашивали в течение трех месяцев. 31 декабря 1774 года суд приговорил его к четвертованию, а четырех его сподвижников - к повешению.
10 января 1775 года в Москве, на Болотной площади, он был обезглавлен - Екатерина заменила четвертование отсечением головы. Шванвича приговорили, "лишив чинов и дворянства, ошельмовать, переломя над ним шпагу".
10 января 1775 года, в тот самый день, когда на Болотной площади был казнен Пугачев и четверо его сообщников, там же был совершен и обряд гражданской казни над Шванвичем. После этого его сослали в Туруханск гиблое место на краю света, в низовьях Енисея. Там и прожил Шванвич 27 лет, добывая средства к существованию тяжелой работой, охотой и рыбной ловлей.
Умер он в Туруханске в ноябре 1802 года.
