В сентябре 1773 года Шванвич с ротой гренадер отправили в Симбирск для приема и отвода рекрутов. Но на пути в Симбирск, когда рота была в Муроме, командир роты поручик Карташов получил приказ "с крайним поспешанием идти в Казань". Затем маршрут следования изменили еще раз, приказав двигаться к Оренбургу - центру пугачевского бунта.
К этому времени в Петербурге только-только узнали о происшествиях на Яике и посчитали, что начавшаяся "замятня и гиль" - обычное казацкое "воровство", не очень-то и грозное. Правительство, исходя из этого, приказало обезвредить мятежников собственными силами, пообещав за голову Пугачева 500 рублей. (Позже этот приз вырос до 28 тысяч).
В сентябре пугачевцы взяли полдюжины небольших крепостей, а в начале октября блокировали Оренбург.
На помощь осажденным вышел карательный отряд генерала Василия Кара численностью в 3500 человек при десяти пушках, но в трехдневном бою 7-9 ноября под деревней Юзеевой был разбит восставшими и бежал, за что был исключен из службы с запрещением жить в столицах.
В этом же районе оказалась и рота поручика Карташова, в которой служил Михаил Шванвич.
Рота сдалась без боя. Карташова и еще одного офицера пугачевцы казнили тут же, а сдавшихся на их милость поручика Волженского и подпоручика Шванвича доставили вместе со всеми солдатами в село Берду, где сам Пугачев, узнав, что Волженский и Шванвич любимы солдатами, велел первому из них быть атаманом, а второму - есаулом, и велел "быть над гренадерами, так, как и прежде, командирами".
Гренадеры присягнули Пугачеву на верность и поочередно приложились к его руке. Вместе с ними сделали то же самое и их командиры - атаман Волженский и есаул Шванвич.
Пугачев побеседовал со Шванвичем и, узнав, что тот знает немецкий и французский языки, велел вновь испеченному есаулу заведовать в его канцелярии иностранной перепиской.
Шванвич участвовал в бунте почти до самого конца и можно проследить ход пугачевского восстания на судьбе пленного подпоручика. Вместе с Пугачевым Шванвич принимал участие в полугодовой осаде Оренбурга, под стенами которого сосредоточилось до 25 тысяч мятежников при 86 пушках. А вокруг Оренбурга - в Казанской губернии, Западной Сибири, Западном Казахстане и Башкирии - действовали крупные отряды сторонников Пугачева.
В декабре 1773 года на подавление восстания был двинут отряд генерал-аншефа Александра Бибикова численностью в 6500 солдат и офицеров при 30 орудиях. Бибиков разбил отряды повстанцев под Самарой, Кунгуром и Бузулуком и двинулся к Оренбургу.
