Солдаты и остальные члены команды теоретически размещались на нижней палубе, но многие предпочитали находиться на свежем воздухе верхней палубы. Мастер-канонир и его люди размещались в кормовой части нижней палубы, рядом с кормовыми пушками. Дальше находилось место корабельного врача. Еще дальше, между бизанью и грот-мачтой или в передней части квартердека, было место опытных матросов. Между грот- и фок-мачтой было место неопытных матросов, а юнги спали где придется.
Солдаты располагались отдельно. Им принадлежала правая сторона нижней палубы. Если погода была хорошая, солдаты выбирались на верхнюю палубу. Вместе с солдатами располагались сержанты. Если на корабле находился капитан-генерал или адмирал, ему выделялась отдельная каюта. Если на корабле плыли дополнительные солдаты, им приходилось находиться на верхней палубе и даже спать на сетках, подвешенных на уровне пояса на полубаке и полуюте.
При таком скоплении людей на ограниченном месте остро ощущались проблемы санитарии. Гальюны на корабле отсутствовали. Нужду матросы справляли с балконов на корме или носу. Если таковых приспособлений не было, для отправления нужды использовались ведра или пространство между обшивкой днища и трюмным настилом. В теплую погоду нечистоты начинали испускать такой запах, что невозможно было пройти мимо открытого трюмного люка. Эухенио де Саласар, описавший свое путешествие пассажиром на борту галеона в 1573 г., отмечал, что насосы, откачивавшие трюмную воду, «испускали пар, как в аду, и воняли, словно дьявол». Разумеется, в таких условиях заводились крысы. Отправляясь в 1622 г. из Гаваны в Испанию эскадра (в том числе галеон «Nuestra Senora de Antocha») провела чистку трюмов. Только на одном корабле удалось убить более тысячи крыс. Крысы были не только разносчиками заразы. Они поедали припасы, загрязняли питьевую воду, повреждали паруса и канаты. Галеоны часто брали на борт животных для того, чтобы иметь в походе свежее мясо. Чаще всего это были куры, свиньи, козы, иногда коровы. На галеонах в Новый Свет иногда доставлялся крупный рогатый скот и лошадей. Животные были дополнительным рассадником антисанитарии. Кроме того, их приходилось защищать от крыс. Проблему доставляли и мелкие вредители: тараканы, скорпионы, мыши и, конечно, блохи и вши. Хотя каюты и нижнюю палубу регулярно окуривали дымом, спасения от вшей и блох не было. Не спасал ни социальный статус, ни состояние. Пассажиры испытывали все трудности наравне с командой, но для них утешением было то, что с завершением плавания проблема решиться сама собой.
