Лейтенант австрийской армии Генрих Раппопорт развил бурную деятельность по организации выезда военнопленных на родину вопреки установленным правилам. Контрразведчики установили его связи с датским посольством, которое субсидировало деньгами частную деятельность Генриха Раппопорта. Обнаружился и повышенный интерес австрийского офицера к советским военным учреждениям.
В Рязани некий А. Я. Кон, значившийся подданным турецкого государства, запросил у Наркоминдела разрешение на выезд в Турцию. В этой связи решили обратиться к архивам дореволюционной военной контрразведки. В них обнаружили, что под фамилией Кон значится немецкий агент по кличке Вернер. Числился он связным у главного помощника германского военного атташе в Румынии. Выяснили, что турецкий подданный не знает турецкого языка. При обыске на квартире у Кона обнаружили обширную переписку, в большей части закодированную, более 40 со знанием дела вычерченных схем театров военных действий и ряд других документов шпионского характера. Под давлением неопровержимых улик Кон признался в преступлении и был осужден.
Военные контрразведчики выявили участников диверсионного акта на железнодорожной станции Смоленск, где на платформах было уничтожено несколько военных самолетов. Разоблачили группу лиц, которые фиксировали маневры военной эскадры в Балтийском море и проводили другие враждебные акции.
Армейские коммунисты, политические руководители военных советов глубоко и последовательно вели линию на укрепление боеспособности своих частей, на ограждение их от проникновения немецких и других шпионов, иных враждебных элементов.
Вся деятельность контрразведки Высшего военного совета находилась под контролем коммунистов армии.
В целях усиления партийного руководства и влияния на аппарат военной контрразведки центральное отделение военной контрразведки замыкалось на политического, а не на военного руководителя Высшего военного совета. В войсках органы военной контрразведки во всем подчинялись военным комиссарам.
Почти одновременно с военно-контрразведывательными учреждениями ВВС, находившимися в тесной связи с регистрационной службой Всероссийского главного штаба, возникла аналогичная организация в системе Оперативного отдела (Оперода) военного наркомата, взявшего на себя руководство борьбой на внутренних фронтах. Этот орган военного управления в отличие от ВВС и ВГШ состоял в основном из коммунистов. Во главе Оперода стоял старый революционер, делегат II съезда Советов коммунист С. И. Аралов. Оперативный состав отдела подбирался из молодых и энергичных людей. Оперод не только руководил боевыми операциями против Каледина, а затем против восставших чехословаков и других врагов, но и ведал вопросами снабжения, подбора командиров, посылкой на фронт комиссаров и агитаторов. В какой-то мере он осуществлял функции Генерального штаба Красной Армии. В его деятельность глубоко вникал В. И. Ленин.
