На верфях Санкт–Петербурга, Николаева и Севастополя, в соответствии с 20–летним планом (1883–1902), была развернута постройка кораблей нового флота, основу которого должны были составить броненосные корабли и крейсера океанского плавания. Для управления движением судов и личным составом в структуре министерства был образован Главный морской штаб (ГМШ), начальником которого стал бывший сподвижник неутомимого Г. Н. Невельского вицеадмирал Н. М. Чихачев. С 1885 г. Шестаковым был взят курс на сокращение офицерского состава при одновременном упразднении архаичных корпусов морской артиллерии и флотских штурманов и введение плавательного ценза. Обязанности артиллерийских и штурманских офицеров на кораблях впредь должны были исполнять воспитанники привилегированного Морского училища, то есть флотские офицеры. Продвижение их по службе было поставлено в зависимость от количества месяцев, проведенных в плавании в соответствующих чинах или на соответствующих должностях.
Введение пресловутой цензовой системы, раскритикованной после Русско–японской войны, вначале преследовало вполне достойную цель: избавить флот от офицеров, не имевших опыта плавания и самостоятельного командования судами. С этим пришлось считаться и З. П. Рожественскому, который с 1878 г. не был в плавании (кампании в болгарском флоте не засчитывались) и по новым правилам не мог претендовать на командованием кораблем II ранга. Надо было вновь завоевывать авторитет у руководства флотом. Впрочем, все это не страшило Зиновия Петровича, который не только не собирался оставить службу (за шесть лет [1884–1889 гг.] численность офицеров сократилась на 989 человек — на >1/>3), но и был готов делать карьеру в новых условиях.
На кампанию 1886 г. он был назначен (приказ от 1 мая) флагманским артиллерийским офицером в походный штаб командующего Практической эскадрой Балтийского моря — самого крупного соединения флота того времени. Ранее на эту должность обычно назначались капитаны, подполковники или полковники Корпуса морской артиллерии, и З. П. Рожественский,
благодаря Михайловской академии и своему артиллерийскому опыту, стал одним из первых флотских офицеров, которым доверили столь ответственные специальные обязанности.
Главная цель ежегодной 4–месячной кампании Практической эскадры заключалась «в обучении команд по всем отраслям военно–морского дела и ознакомлении офицеров с районом вод Балтийского моря и Финского залива»
