Прокофия Ляпунова не смутила неудача с обращением к князю Пожарскому. Он все равно, как мог, противодействовал царю Василию Шуйскому. Новый повод представился тогда, когда верные царю Василию войска под руководством воеводы князя Василия Федоровича Мосальского пытались отстоять от «воровских» притязаний Шацк — центр Мещерского уезда. Однако победа осталась за воеводой калужского «цари-ка» князем Дмитрием Мамстрюковичем Черкасским. Шуйский еще пытался удержать за собой этот богатый край, где располагались дворцовые земли, и послал на помощь князю Василию Федоровичу Мосальскому голову Ивана Можарова, скорее всего со стрелецким войском. Но этот отряд был задержан Ляпуновым в Рязани: «И Прокофей сведал то, что идут к Шацкому и, посла, повеле Ивана переняти и их не пропустиша, повеле им быти у себя»[42]. Известие это можно воспринять по-разному, даже как действия Прокофия Ляпунова в пользу калужского самозванца. Но, возможно, всё объяснялось интересами укрепления обороны Переславля-Рязанского. В Москве же очередное самоуправство Ляпунова приняли за измену.
Вскоре в столице произошел переворот, лишивший власти царя Василия Шуйского. Поводом для смены царя стало тяжелое поражение московского войска в битве с гетманом Станиславом Жолкевским под Клушином 24 июня 1610 года. Меньше чем через месяц судьба князей Шуйских была решена, и, условно говоря, «договор» с ними, заключенный сразу после свержения самозваного царя Дмитрия в 1606 году, был окончательно разорван.
Царю Василию Шуйскому мало что удалось сделать за четыре года. Не выполнил он и своей присяги «миру», которую дал при восшествии на престол: никого не казнить без вины, не разорять людей всем родом, учитывать мнение Боярской думы. Расправы с опальными людьми продолжались и, по московской традиции, они опять затрагивали всех родственников, а не одного провинившегося человека. Все обещания остались неисполненными, а самозванство не только не исчезло, но и стало мучительным признаком государственной жизни, укрыться от которого нельзя было ни в каком уголке страны. Чрезвычайные события, связанные с отрешением от власти царя Василия Шуйского, требовали решительных действий.
Значительный след Ляпуновы оставили и здесь. На этот раз в числе заговорщиков упоминается Захар Петрович, родной брат Прокофия. Но и Прокофия Ляпунова автор «Нового летописца» по-прежнему не забывает, утверждая, что именно он в союзе с князем Василием Голицыным стал зачинщиком переворота. Когда царь Василий Шуйский в последней надежде после клушинского разгрома обратился по городам, чтобы оттуда шли спасать Москву, то никого не дождался. Не помог ему и Ляпунов в Переславле-Рязанском: «…а резанцы отказаша по умышлению Прокофья Ляпунова. Прокофей же наипаче нача со князем Васильем Голицыным умышляти, как бы царя ссадити».
