Тех, кто сомневался в истинности организованных чудес, ждало суровое наказание. Патриарх объявил об отлучении от церкви особенно злостных скептиков, а колеблющимся было предложено для чтения наскоро составленное житие нового святого, в котором говорилось, что неповинным страданием убиенный царевич стяжал себе нетление и дар чудес.
Москва окончательно хоронила Дмитрия, а на южных окраинах России происходило его новое рождение. Многие города не признали власть Шуйского, отказавшись верить в смерть первого Лжедмитрия. Спасшегося царя еще никто не видел, но его именем уже начался захват территорий, верных Шуйскому. Волна восстания пошла из Северской области, пограничной с Польшей. Во главе многотысячного разношерстного войска, состоявшего из запорожских и донских казаков, беглых крестьян и мелких помещиков, встал Иван Болотников, бывший боярский холоп, испытавший и седло казачьего коня, и скамью турецкой галеры. Он объявил себя воеводой царя Дмитрия и двинул свою армию на Москву. «Убивайте бояр и дворян, берите себе их жен и дочерей!» — эти воззвания Болотникова к крестьянам и городской бедноте срабатывали лучше всяких петард, открывая перед ним ворота крепостей. Взяв город, воеводы Болотникова устраивали «народный суд» над приверженцами Шуйского. Их затаскивали на колокольни и спрашивали собравшихся внизу горожан: «Судить или миловать?» Чаще всего разъяренные массы орали «Судить», и тогда несчастного тут же сбрасывали вниз, к ногам толпы.
С лета 1606 года Карл IX забрасывал Василия Шуйского предложениями о помощи против восставших, но Москва поначалу вообще отрицала факт беспорядков в государстве. Шуйский сообщал шведскому королю, что его армия вышла в поход против татар. Когда царским войскам удалось одержать несколько побед над Болотниковым, к Василию Шуйскому вернулось свойственное московским царям высокомерие. Он приказал воеводе в Кореле (Кексгольме) князю Мосальскому писать в Выборг, для передачи Карлу IX: «Великому государю нашему помощи никакой ни от кого не надобно, против всех своих недругов стоять может без вас и просить помощи ни у кого не станет, кроме Бога».
Однако пренебрежительный тон царского ответа не мог обмануть Карла IX. Наместники в Нарве и Выборге сообщали о бурлении в приграничных русских районах, о том, что важные крепости, в том числе Корела и Орешек (Нотебург), не признают Шуйского царем, сохраняя верность Дмитрию. Повсюду рыскали шайки конных казаков, грабивших всех без разбора и присягавших то Шуйскому, то Дмитрию из соображений собственной выгоды. Конечно, дела царя обстояли совсем не так хорошо, как он пытался это представить. От письма к письму тон посланий Карла IX Шуйскому становился все более угрожающим. Он предлагал срочно организовать встречу комиссаров в пограничной деревне Систербэк для обсуждения ратификации Тявзинского мира, в противном случае Карл будет искать примирения с поляками и начнет захватывать русские территории. «Не выбирайте слов, добиваясь своего», — инструктировал король своих представителей, считая, что своим обычным вежливым стилем общения дипломаты лишь испортят важное дело. Комиссары получили инструкцию требовать у русских на переговорах все важные приграничные крепости: Нотебург, Кексгольм, Ям, Копорье, Ивангород и Колахус. Впрочем, если бы русские сочли эти притязания чрезмерными, можно было уступить, согласившись лишь на ратификацию мирного договора. С начала августа 1606 года шведские комиссары кормили комаров в лесной глуши на берегу быстрой и узкой реки Сестры, ожидая прибытия русских посланцев. Прошел месяц, начался второй, наступили осенние холода, полились дожди — вести переговоры было не с кем. Царь явно уходил от ответа, сообщая, что прибытие его представителей задерживается из-за моровой язвы в России. По той же причине он не мог отпустить домой находившееся в Москве шведское посольство. Карл IX был уверен, что эпидемия в России утихнет, как только царь убедится в серьезности его угроз. В Выборг стали стягиваться войска, которым было приказано неожиданным броском захватить Кексгольм или Нотебург в качестве залога для переговоров с Россией. Если представится случай, следовало взять и куда более серьезный куш — мощную Ивангородскую крепость. Здесь Карл возлагал надежды на вербовку ивангородского воеводы князя Салтыкова, тайного противника Шуйского.
