Среди пуритан постепенно усиливалось влияние идеи о том, что в церковных общинах не должно быть никакой разницы между проповедниками и мирянами, которым также дано толковать Слово Божье. Ее отстаивали индепенденты (от англ. independent — независимый), считавшие каждую общину независимой. Их численность, несмотря на казни, неуклонно возрастала. Они обвиняли в деспотизме не только епископат государственной англиканской церкви, но и синоды кальвинистской пресвитерианской церкви. Ни единой национальной церкви, ни податей на содержание духовенства, как они полагали, нынешним христианам не нужно точно так же, как в первых христианских общинах. Духовенство должно жить трудом своих рук, школы должны быть не церковными, а должности в государстве могут занимать люди различных религиозных убеждений — с такими взглядами боролась против монархии Стюартов республиканская партия индепендентов.
Индепенденты — термин, имевший преимущественно политическую окраску, в церковном аспекте они были конгрегационалистами, последователями Роберта Броуна (1550–1633), выпускника Кембриджского университета и пастора, отстаивавшего идеи радикальной Реформации. В своих книгах он обобщил опыт тайно действовавших в Англии общин радикальной Реформации, которые дали начало конгрегационалистской церкви. Принципы конгрегационализма изложены им, главным образом, в произведении «Книга для наставления жизни и обычаям истинных христиан» («А Book Which Sheweth the Life and Manners of All True Christians»). Расходясь с умеренными пуританами, он писал о необходимости полного упразднения англиканской церкви и создании самоуправляемых общин. Между этими общинами должно быть согласие исповедовать одну веру. Согласие, или договор (англ. covenant), предусматривает духовную связь между общинами, а также между каждой общиной и Богом, так что светское вмешательство в сферу религиозной жизни исключается. Всякую церковь, которая связана со светской властью или ею контролируется, Броун считал церковью Антихриста. Соответственно, и кальвинистские структуры церкви с пресвитерами и синодами, по его представлениям, не соответствовали Писанию.
Роберт Броун был вынужден возвратиться в англиканскую церковь. Его единомышленники, после того как двое из них были повешены, эмигрировали в Голландию. Конгрегационалисты с 1616 г. имели свою церковь в Лондоне, позже такие церкви появились в различных местностях Англии в период борьбы парламента с абсолютизмом. В республиканской Англии конгрегационализм получил официальное признание, а в период протектората Ричарда Кромвеля был подготовлен проект объединения их с пресвитерианами. «Декларация о вере и организации согласно практике конгрегационалистских церквей Англии» выражала согласие с принятым в 1647-48 гг. на ассамблее пресвитериан Вестминстерским исповеданием веры, но требовала сохранения своей церковной системы, полностью отрицая роль государства. Конец преследованиям конгрегационалистов в Англии наступил в 1688 г., и лишь в XVIII в. им были дарованы полные политические и религиозные права.
