Он требовал безусловного выполнения Слова Божьего и строгой моральной дисциплины. Если государи творят зло, их следует лишать покровительства законов. Если они уклоняются от проведения церковной реформы, это становится священной обязанностью общины. Его книга «Первый трубный глас против чудовищного правления женщин» («The first blast of the trumpel against the monstruous regiment of women») энергично обличала права женщин на власть, была протестом против гонений Марии Кровавой на верующих. Восшествие на престол королевы Елизаветы, которую Мария держала в Тауэре, Нокс, как и все подданные английской короны, встретил с надеждой на облегчение участи гонимых. С ней он вступил в переговоры, прося защиты для протестантов Шотландии, где появилась королева Мария Стюарт.
Нравы французского двора Марии Стюарт, преданной католицизму, не устроили ни вольную аристократию Шотландии, ни сурового блюстителя нравственности Нокса. Он нападал на роскошь и легкомыслие молодой женщины, публично молился об избавлении двора от служения идолам, устраивая нападения на придворных священников, которым отрезали уши, разбивали головы. После трагедии с убийством супруга королевы он стал требовать казни Марии за прелюбодеяние и убийство мужа.
Бегство Марии в Англию и ее почти двадцатилетнее пребывание в плену Елизаветы дало почву для серии заговоров и мятежей католиков. Папа отлучил королеву Англии от церкви, освободив подданных от подчинения еретичке. Претензии Марии на английский престол использовала Испания, снарядившая для захвата страны флот Великой Армады. Поэтому казнь католической государыни Марии Стюарт Елизаветой (8 февраля 1587 г.) вписывалась в абсолютистскую политику защиты интересов государства от внешних и внутренних врагов. Точно так же, как демонстративный траур государыни при известии о Варфоломеевской ночи, военная помощь гёзам в Нидерландах и гугенотам во Франции означали не религиозные симпатии королевы, а политические акции против гегемонии Испании в системе европейских держав.
Поддерживая протестантов во внешней политике, королевская власть в Англии смотрела на пуритан внутри страны как на «испанскую угрозу», ведь они подрывали устои власти, требуя ликвидировать ее опору — епископат. Судебные процессы против пуритан не прекращались, но они молились за королеву и настойчиво проповедовали. Центром пуританского влияния был университет Кембриджа, где пуританские богословы враждовали с доминиканцами и удаляли из церкви украшения. Англиканское духовенство не могло соперничать с пуританами в искусстве проповеди, которому хотели обучаться студенты-теологи. Проповедуя и обучая Писанию в городах и селениях, пуританские проповедники, несмотря на запреты, укрепляли по стране антиабсолютистские настроения. Король Яков I Стюарт недаром называл их «ехиднами»: они сильнее других еретиков унижали королевскую церковь. Дело было не только в митрах, ризах и поклонах, богатстве и политической ангажированности англиканских иерархов. Постыдное, аморальное происхождение англиканской церкви, основанной, по убеждению пуритан, для потворства порокам деспота и развратника короля Генриха VIII, провозглашалось пуританами несовместимым с Богом и Писанием. На этом основании в пуританском парламенте англиканскую церковь обличали, как «бесовскую забаву», которая так же отвратительна для христианина, как придворный церемониал, пляски и театральные зрелища.
