Абу Джа'фара и глав родов Хасанидов и Хусайнидов Алидов Египта, признававших алидское происхождение фатимидских халифов-имамов. Джаухар обнародовал также указ — охранную грамоту
(аман), гарантировавшую возврат к подлинной Сунне Пророка и безопасность паломнических путей. Позднее Фатимиды постепенно ввели исма'илитский мазхаб, требовавший внешних изменений части ритуалов. Но Фатимиды никогда не пытались обратить кого-либо в исма'илизм силой, и потому большинство египтян оставалось суннитами, принадлежа к мазхабу шафи'и; в стране оставалась и значительная община христиан коптов. Весьма показательно, что до Фатимидов ши'иты составляли в Египте меньшинство, и их статус меньшинства оставался неизменным в течение двух веков правления Фатимидской династии.
Джаухар правил Египтом как вице-король 4 года, до 362/973 года. Как и после взятия власти Фатимидами в Ифрикийе, Джаухар сохранил от предыдущего режима администрацию и чиновников, занимавшихся правовыми вопросами, включая везира Ибн ал-Фурата и главного судью Абу Тахира аз-Зухли. Однако к каждому высшему чиновнику государства был приставлен специальный человек из берберов кутама в качестве лица, инспектировавшего деятельность чиновника. Всё это сделало переход к правлению Фатимидов и восстановление экономики более мягким и реально осуществимым. В рамках устремлений династии на восток Джаухар послал в мухарраме 359/ноябре 969 года основную часть подразделений фатимидской армии на завоевание Палестины и Сирии. Однако успехи Фатимидов в Сирии были недолгими. В 360/971 году карматы Бахрейна в союзе с Бундами и другими силами нанесли Фатимидам поражение в Дамаске, ставшее первым в ряду многочисленных позднейших неудач Фатимидов в Сирии. Воодушевленный своей победой и впечатляющей коалицией союзников, ал-Хасан ал-'Асам, племянник Абу Тахира ал-Джаннаби, командующий карматскими силами в большинстве кампаний, сам вторгся в свою очередь в Египет и подступил к воротам Фустата, но в 361/971 году был вынужден отойти. Эти события послужили началом многочисленных военных столкновений между Фатимидами и карматами Бахрейна, отдалив установление власти Фатимидов над Палестиной и Сирией еще на несколько десятилетий.
Между тем лагерь Джаухара под Фустатом быстро превращался в городок, первоначально названный Мансурийей, как и его тезка в Ифрикийе, где тогда все еще находился ал-Му'изз. Последний сам утвердил план нового города, в котором, как и в его предшественнике в Северной Африке, были предусмотрены северные и южные ворота, соответственно «Баб ал-Футух» и «Баб аз-Зувайла», а также мечеть под названием ал-Азхар. Джаухар выстроил также два дворца, разнесенные на большое расстояние друг от друга, для халифа-имама и его будущих наследников. Специальные террасы и административные пост были возведены для правительственных департаментов и фатимидской армии. К лету 361/972 года ал-Му'изз был готов придать Фустату статус столицы Фатимидского государства в Египте. Прежде чем отправиться в Египет, он назначил Булуггина правителем Ифрикии и всего Магриба. Булуггин, сын амира санхаджа, Зири б. Манада, погибшего во время верной службы Фатимидам, стал основателем династии Зиридов в Магрибе.
