Фатимидам не было суждено воплотить в жизнь свои всеобщие идеалы. Но им удалось, хотя бы на время, заставить считаться со своей властью страны от Северной Африки и Египта вплоть до Хиджаза, Палестины и Сирии. В Хиджазе они заняли место Аббасидов в качестве защитников священных городов Мекки и Медины; и на один короткий, но запомнившийся год, 450–451/1058—1059-й, хут6а во время пятничной молитвы в Багдаде читалась во здравие халифа Фатимида. Во второй половине У/Х1 века, почти за целый век до своего окончательного падения, фатимидский халифат столкнулся с многочисленными внутренними и внешними трудностями. Фатимидские да`и, активно действовавшие в центральных и восточных областях, от Сирии до Центральной Азии, к этому времени достигли значительных успехов в распространении ислама. Они завоевали преданность постоянно растущего числа обращенных на территории всех владений Аббасидов, как в городах, так и сельской местности, включая земли, находившиеся под контролем Бундов, Сельджуков, Саффаридов, Газневидов и других династий, возникших на Востоке. Эти неофиты признали фатимидского халифа своим правомочным имамом времени. Все сохранившиеся группы «крайних» карматов, проживавших вне Бахрейна, также были к тому времени преданы фатимидскому исма'илитскому да'ва. Именно благодаря успеху таких широко известных фатимидских да`и, как Абу Йа'куб ас-Сиджистани, Хамид ад-Дин ал-Кирмани и Насир-и Хусрав, а также ряду других менее известных да`и, исма'илизм смог пережить падение Фатимидской династии и халифата, выжив даже в условиях возрождения суннизма в V — У1/Х1—ХП веках.
После смерти ал-Мустансира в 487/1094 году имел место раскол; исма'илиты распались на фракции низаритов и муста'литов, названные по именам сыновей ал-Мустансира, претендовавших на его наследство. С тех пор исма'илиты низариты и муста'литы следуют разным линиям имамов. Первые основали ряд независимых государств на территории Персии и Сирии, сохраняя политическое господство до тех пор, пока монголы не разгромили их в 654/1256 году. Вторые разделились к 526/1132 году на фракции таййибитов и хафизитов, и лишь последние признали поздних Фатимидов своими имамами.
Заключительный этап халифата Фатимидов с 487/1094 по 567/1171 год оказался весьма бурным. Территория государства сократилась вплоть до границ Египта. Государство Фатимидов теперь почти постоянно сотрясали политические и экономические катаклизмы, катализировавшиеся сепаратистскими устремлениями региональных лидеров и беспорядками внутри армии. Все поздние правители династии Фатимидов скончались преждевременно или вследствие насилия и были не более чем марионетками в руках своих везиров, которые со времени Бадра ал-Джамали (ум. 487/1094) не выпускали из своих рук рычагов правления Фатимидским государством. По иронии судьбы, именно последний фатимидский везир Салах ад-Дин, Саладин западных источников, положил конец власти Фатимидов в 567/1171 году.
