Опричные судьи добивались признаний в измене царю с помощью жесточайших пыток, жгли на огне «некоею составною мукою огненною». Замученных волокли санями к реке и спускали под лед. Летописец рассказывает, что зимой 1570 года опричники бросали в Волхов связанных по рукам и ногам женщин и детей, а другие с лодок топорами и рогатинами топили тех, кому удавалось выплыть.
Таким образом за две-три недели погибло примерно триста знатных семей. Под конец был устроен общегородской погром и грабеж на рынках и торгах. Ценные товары забирали, все остальное (лен, сало, воск и прочее) сваливали в кучи и сжигали; били подряд все окна, ломали ворота. Сопротивляющихся убивали на месте.
Разделавшись с Новгородом, опричное воинство двинулось к Пскову. Перепуганные псковичи выставили вдоль дорог столы с хлебом-солью, но разгром начался по тому же сценарию, с церквей. Однако внезапно погром был прекращен, и царь со своим воинством покинул город. Причиной тому стал псковский юродивый Николай Салос. Это по его совету псковичи не стали заранее бежать из города, а встретили царя хлебом-солью. Когда же это не помогло, юродивый преградил царю дорогу на одной из улиц, суя ему под нос кусок сырого мяса. Так как в это время был Великий пост, то Грозный сказал: «Я христианин, не ем мяса постом». Тогда Салос начал обличать царя: «Ты делаешь хуже, ты пьешь человеческую кровь», и далее поучал его «ужасными словами», грозил смертью сначала царскому коню, а затем и царю. Не слушая юродивого, Грозный велел снять колокол с Троицкого собора, — но в тот же час под царем пал конь. Пророчества Николая начали сбываться. Царь в ужасе покинул Псков.
Некоторые историки считают, что причиной новгородского и намечавшегося псковского погрома была хорошо организованная литовскими «спецслужбами» провокация, или же опричники за несколько недель до погромов переусердствовали в допросах нескольких беглых литовских пленников из Новгорода, которые под пытками показали, что бежали с ведома некоторых знатных новгородцев. Так или иначе, но зимой 1570 года опричники уничтожили в Новгороде около половины жителей, десять или двадцать тысяч человек.
Летом 1570 года был раскрыт новый заговор в Москве. 25 июля были казнены более сотни людей. Печатника Висковатого распяли на деревянном кресте, затем живьем разрезали на части; казначея Никиту Фуникова заживо сварили в кипятке. В Москве готовился такой же погром, как в Новгороде. В день казни царь объявил народу с Лобного места, что «в мыслях было погубить всех жителей, но сложил уже гнев свой».
