Деятельность Н. О. Эссена в Порт–Артуре не прошла незамеченной. Артур его выдвинул и дал право считаться одним из самых выдающихся офицеров нашего флота.
После возвращения Н. О. Эссена в 1905 году в Россию начинается новый период его деятельности, деятельности организаторской на основании выводов, сделанных из опыта войны.
В этом году он назначается командиром вновь строившегося тогда в Англии крейсера «Рюрик» и одновременно — командиром 20–го флотского экипажа. Как раз в это время в Кронштадте вспыхивает бунт, к которому примыкают матросы всех экипажей. В городе идут буйные грабежи и бесчинства; слышна беспрерывная стрельба; повсюду видны пьяные банды. Нет нигде только матросов 20–го экипажа: он весь остался в казармах и к бунту не присоединился. Это был экипаж, как и все другие: и он был недалек от участия в мятеже. Разобрав винтовки, матросы уже направились было к выходу. Вдруг неожиданно у ворот казарм путь им преградил командир экипажа, который был совершенно один. В руке у него был револьвер. В следующую минуту раздался его решительный окрик: «Назад!.. Только через мой труп вы выйдете отсюда!» Матросы замялись, и, воспользовавшись моментом, Н. О. Эссен стал убеждать их отказаться от безумного шага. Он говорил им о значении воинской присяги, о том, что сами же они потом будут раскаиваться в своем поступке, да будет поздно. Матросы сумрачно слушали своего командира, сгрудившись вокруг: каждое его слово пронизывало их, как электрическая искра. Вскоре от мятежного настроения не осталось и следа, и матросы вернулись в казармы. Ни одного своего командира потом они не любили так, как любили Эссена.
Этот подвиг стоил «Новика» и «Севастополя».
В 1906 году ему вверяется отряд минных крейсеров. Под его талантливым командованием этот отряд становится ядром воссоздающегося флота, и в нем вырастает целый ряд отличных командиров и молодых офицеров. Создается школа Эссена подобно тому, как некогда — школы Лазарева, Бутакова, Макарова.
В 1908 году, уже контр–адмиралом, Н. О. Эссен назначается начальником Морских сил Балтийского моря, а затем утверждается командующим флотом и в этой должности остается до последнего дня своей жизни.
За семь с небольшим лет он буквально возродил флот и уничтожил рутину, пустившую было уже глубокие корни.
Он доказал, что береговые учреждения должны служить для флота, а не наоборот. Возродил завет С. О. Макарова, что «в море — значит, дома», и приучил флот плавать не только летом, но и осенью и зимой, при самых тяжелых условиях. Н. О. Эссен постоянно говорил, что практика — это все, что без нее нельзя ничему научиться и ничего добиться. Он впервые воспротивился тому, чтобы командиров кораблей подвергали беспощадной ответственности за малейшую посадку на мель, отнимая у них всякую охоту подвергаться какому‑либо риску. В результате — флот стал при нем полным хозяином своих вод и не пользовался больше лоцманами для прохода трудными фарватерами. Но не только это доказал Н. О. Эссен; он доказал еще много и других простых истин, которые до него у нас понимали как‑то плохо.
