13 февраля Ушаков направил Пустошкину ордер о следовании к Мессине для задержания французских судов, идущих из Египта Получив приказ, отряд 4 — 7 марта перешел в Мессину. Корабли отряда крейсировали между островом Сицилия и берегами Италии, периодически заходя в Сиракузы. 16 апреля Ушаков направил указ о возвращении на Корфу. 25 — 30 мая отряд Пустошкина перешел от Сиракуз в Корфу.
Для крейсерства между побережьем Африки и Сицилией была направлена недавно пришедшая в Средиземное море эскадра контр-адмирала П.К. Карцова. 20 марта она вышла с Корфу и 25-го прибыла к Сицилии. Суда эскадры ходили в крейсерство между островами Сицилия, Мальта и тунисским берегом 1 мая Ушаков направил ордер П.К. Карпову о возвращении в Корфу.
18 мая эскадра, стоявшая у острова Леонса, снялась с якоря и на следующий день пришла в Палермо. 27 мая — 2 июня она перешла в Корфу.
Ушаков задержался на Корфу, так как корабли требовали ремонта В июне 1800 г. адмирал получил еще одно приказание императора о возвращении в Россию.
6 июля 1800 г. Ушаков с 9 кораблями и 1 фрегатом покинул Корфу, 10 сентября он прибыл в Буюкдере. Не потерявшая ни одного судна в жестоких боях, эскадра Ушакова при возвращении в Черное море лишилась двух судов. 9 октября фрегат «Поспешный» и шебека «Макарий» штормом были выброшены на Румелийский берег у Константинополя и погибли.
26 октября 1800 г. эскадра Ф.Ф. Ушакова, салютуя, вошла в Севастополь. Победоносная Средиземноморская кампания Черноморского флота, длившаяся два с лишним года, завершилась.
За полгода до этого, 21 марта 1800 г., в Константинополе между Россией и Турцией была заключена Конвенция о республике Семи Соединенных Островов (Ионические о-ва). В соответствии с этой конвенцией, в частности, по соглашению с правительством республики, на островах останется русско-турецкий гарнизон на время войны с Францией.
После ухода основных сил эскадры Ушакова из Средиземного моря там осталась часть судов и войск, чтобы обеспечить безопасность Ионических островов. И только через несколько лет Россия для противодействия новым попыткам французов осуществить захваты на Балканах, а также мл защиты Ионических островов как базы русского флота в Средиземном море вновь начала концентрировать на Корфу силы, которые затем возглавил адмирал Д.Н. Сенявин.
Отряд А.А. Сорокина — фрегаты «Св. Михаил», «Григорий Великия Армении», «Св. Николай» — по просьбе Неаполитанского короля и Высочайшего повеления остался в Неаполе до 1802 г. и вернулся в 1803 г.
