С остальными кораблями («Св. Павел», «Захарий и Елизавета», «Св. Петр», «Мария Магдалина») Ф.Ф. Ушаков направился в Палермо для переговоров с адмиралом Г. Нельсоном. 22 августа эскадра Ф.Ф. Ушакова пришла на рейд Палермо, где стояла балтийская эскадра контр-адмирала П.К. Карпова: «Исидор», «Азия», «Победа», фрегат «Поспешный».
26 августа «Св. Павел» посетил король обеих Сицилии Фердинанд IV. Предложение Ф.Ф. Ушакова о совместных действиях против острова Мальта было отклонено Г. Нельсоном, который вместе с палермским двором настаивал на переходе союзной эскадры к Неаполю для укрепления там королевской власти.
В конце августа на турецких кораблях, входивших в состав эскадры Ф.Ф. Ушакова, начались волнения матросов, требовавших возвращения на родину, и 1 сентября турецкая эскадра (четыре линейных корабля, фрегат, корвет, малое судно) самовольно ушла в Дарданеллы.
4 — 8 сентября эскадры Ф.Ф. Ушакова и П.К. Карпова перешли в Неаполь, где стояла эскадра капитана 2-го ранга А.А. Сорокина. Ф.Ф. Ушаков рассчитывал организовать поход в Римскую республику, где еще держались французы. Не желая, чтобы русские овладели Римом, Нельсон послал в Чивита-Веккью коммодора Троубриджа для тайных переговоров с французами. 16 сентября Троубридж заключил с французами соглашение о капитуляции гарнизонов Рима, Чивита-Веккьи, Корнето и Тольфы. Гарнизонам было оставлено оружие и право участвовать в войне. Английские корабли должны были доставить их в южные порты Франции. Такие условия капитуляции создавали возможность использования этих войск для усиления французской армии в Лигурийской республике.
18 сентября Ф.Ф. Ушаков отправил к Риму отряд из 820 матросов и морской пехоты под командованием полковника Скипора и лейтенанта Балабина. Узнав о подписании капитуляции, русский адмирал заявил англичанам протест и 19 сентября послал в Чивита-Веккью фрегат «Поспешный», чтобы предупредить расхищение итальянских ценностей французами. Русский отряд вступил в Рим 30 сентября и пробыл там до начала ноября.
7 октября корабли «Азия», «Св. Петр» и фрегат «Поспешный» ушли в море. «Азия» конвоировала транспорты в Ливорно и вернулась 29 октября. «Св. Петр» и «Поспешный» направились в Корфу за провиантом и материалами. 9 ноября корабль «Св. Петр» привел транспорты, а затем перешел в Мессину.
